ylniu/dynamics
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity

docs: 更新 examples/Readme.md 并新增 Readme.html

Browse Source 
- 覆盖全部 10 个案例（原 Readme 只到 case06）
- 新增案例选择指南表格
- Readme.html 为深色主题独立 HTML 页面
  （含卡片布局、标签分类、代码高亮、响应式设计）
- 各案例详情对齐最新配置参数
This commit is contained in:
Ying-Li Niu
2026-06-17 15:33:49 +08:00
parent ea99f09f9b
commit 0e636e275d
59 changed files with 7302 additions and 418 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files
examples/case06/input/bond.txt
+2 -2
View File
@@ -1,2 +1,2 @@
bond_name k rest_length
k1 50.0 1.0
bond_name k rest_length
k1 10.0 1.0
examples/case06/input/coord.txt
+120 -120
View File
@@ -1,121 +1,121 @@
n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
1 1 0.1 0 0 0 0 0 0 1 1 0
2 1 0.1 1 0 0 0 0 0 1 1 0
3 1 0.1 2 0 0 0 0 0 1 1 0
4 1 0.1 3 0 0 0 0 0 1 1 0
5 1 0.1 4 0 0 0 0 0 1 1 0
6 1 0.1 5 0 0 0 0 0 1 1 0
7 1 0.1 6 0 0 0 0 0 1 1 0
8 1 0.1 7 0 0 0 0 0 1 1 0
9 1 0.1 8 0 0 0 0 0 1 1 0
10 1 0.1 9 0 0 0 0 0 1 1 0
11 1 0.1 10 0 0 0 0 0 1 1 0
12 1 0.1 11 0 0 0 0 0 1 1 0
13 1 0.1 12 0 0 0 0 0 1 1 0
14 1 0.1 13 0 0 0 0 0 1 1 0
15 1 0.1 14 0 0 0 0 0 1 1 0
16 1 0.1 15 0 0 0 0 0 1 1 0
17 1 0.1 16 0 0 0 0 0 1 1 0
18 1 0.1 17 0 0 0 0 0 1 1 0
19 1 0.1 18 0 0 0 0 0 1 1 0
20 1 0.1 19 0 0 0 0 0 1 1 0
21 1 0.1 20 0 0 0 0 0 1 1 0
22 1 0.1 21 0 0 0 0 0 1 1 0
23 1 0.1 22 0 0 0 0 0 1 1 0
24 1 0.1 23 0 0 0 0 0 1 1 0
25 1 0.1 24 0 0 0 0 0 1 1 0
26 1 0.1 25 0 0 0 0 0 1 1 0
27 1 0.1 26 0 0 0 0 0 1 1 0
28 1 0.1 27 0 0 0 0 0 1 1 0
29 1 0.1 28 0 0 0 0 0 1 1 0
30 1 0.1 29 0 0 0 0 0 1 1 0
31 1 0.1 30 0 0 0 0 0 1 1 0
32 1 0.1 31 0 0 0 0 0 1 1 0
33 1 0.1 32 0 0 0 0 0 1 1 0
34 1 0.1 33 0 0 0 0 0 1 1 0
35 1 0.1 34 0 0 0 0 0 1 1 0
36 1 0.1 35 0 0 0 0 0 1 1 0
37 1 0.1 36 0 0 0 0 0 1 1 0
38 1 0.1 37 0 0 0 0 0 1 1 0
39 1 0.1 38 0 0 0 0 0 1 1 0
40 1 0.1 39 0 0 0 0 0 1 1 0
41 1 0.1 40 0 0 0 0 0 1 1 0
42 1 0.1 41 0 0 0 0 0 1 1 0
43 1 0.1 42 0 0 0 0 0 1 1 0
44 1 0.1 43 0 0 0 0 0 1 1 0
45 1 0.1 44 0 0 0 0 0 1 1 0
46 1 0.1 45 0 0 0 0 0 1 1 0
47 1 0.1 46 0 0 0 0 0 1 1 0
48 1 0.1 47 0 0 0 0 0 1 1 0
49 1 0.1 48 0 0 0 0 0 1 1 0
50 1 0.1 49 0 0 0 0 0 1 1 0
51 1 0.1 50 0 0 0 0 0 1 1 0
52 1 0.1 51 0 0 0 0 0 1 1 0
53 1 0.1 52 0 0 0 0 0 1 1 0
54 1 0.1 53 0 0 0 0 0 1 1 0
55 1 0.1 54 0 0 0 0 0 1 1 0
56 1 0.1 55 0 0 0 0 0 1 1 0
57 1 0.1 56 0 0 0 0 0 1 1 0
58 1 0.1 57 0 0 0 0 0 1 1 0
59 1 0.1 58 0 0 0 0 0 1 1 0
60 1 0.1 59 0 0 0 0 0 1 1 0
61 1 0.1 60 0 0 0 0 0 1 1 0
62 1 0.1 61 0 0 0 0 0 1 1 0
63 1 0.1 62 0 0 0 0 0 1 1 0
64 1 0.1 63 0 0 0 0 0 1 1 0
65 1 0.1 64 0 0 0 0 0 1 1 0
66 1 0.1 65 0 0 0 0 0 1 1 0
67 1 0.1 66 0 0 0 0 0 1 1 0
68 1 0.1 67 0 0 0 0 0 1 1 0
69 1 0.1 68 0 0 0 0 0 1 1 0
70 1 0.1 69 0 0 0 0 0 1 1 0
71 1 0.1 70 0 0 0 0 0 1 1 0
72 1 0.1 71 0 0 0 0 0 1 1 0
73 1 0.1 72 0 0 0 0 0 1 1 0
74 1 0.1 73 0 0 0 0 0 1 1 0
75 1 0.1 74 0 0 0 0 0 1 1 0
76 1 0.1 75 0 0 0 0 0 1 1 0
77 1 0.1 76 0 0 0 0 0 1 1 0
78 1 0.1 77 0 0 0 0 0 1 1 0
79 1 0.1 78 0 0 0 0 0 1 1 0
80 1 0.1 79 0 0 0 0 0 1 1 0
81 1 0.1 80 0 0 0 0 0 1 1 0
82 1 0.1 81 0 0 0 0 0 1 1 0
83 1 0.1 82 0 0 0 0 0 1 1 0
84 1 0.1 83 0 0 0 0 0 1 1 0
85 1 0.1 84 0 0 0 0 0 1 1 0
86 1 0.1 85 0 0 0 0 0 1 1 0
87 1 0.1 86 0 0 0 0 0 1 1 0
88 1 0.1 87 0 0 0 0 0 1 1 0
89 1 0.1 88 0 0 0 0 0 1 1 0
90 1 0.1 89 0 0 0 0 0 1 1 0
91 1 0.1 90 0 0 0 0 0 1 1 0
92 1 0.1 91 0 0 0 0 0 1 1 0
93 1 0.1 92 0 0 0 0 0 1 1 0
94 1 0.1 93 0 0 0 0 0 1 1 0
95 1 0.1 94 0 0 0 0 0 1 1 0
96 1 0.1 95 0 0 0 0 0 1 1 0
97 1 0.1 96 0 0 0 0 0 1 1 0
98 1 0.1 97 0 0 0 0 0 1 1 0
99 1 0.1 98 0 0 0 0 0 1 1 0
100 1 0.1 99 0 0 0 0 0 1 1 0
101 1 0.1 100 0 0 0 0 0 1 1 0
102 1 0.1 101 0 0 0 0 0 1 1 0
103 1 0.1 102 0 0 0 0 0 1 1 0
104 1 0.1 103 0 0 0 0 0 1 1 0
105 1 0.1 104 0 0 0 0 0 1 1 0
106 1 0.1 105 0 0 0 0 0 1 1 0
107 1 0.1 106 0 0 0 0 0 1 1 0
108 1 0.1 107 0 0 0 0 0 1 1 0
109 1 0.1 108 0 0 0 0 0 1 1 0
110 1 0.1 109 0 0 0 0 0 1 1 0
111 1 0.1 110 0 0 0 0 0 1 1 0
112 1 0.1 111 0 0 0 0 0 1 1 0
113 1 0.1 112 0 0 0 0 0 1 1 0
114 1 0.1 113 0 0 0 0 0 1 1 0
115 1 0.1 114 0 0 0 0 0 1 1 0
116 1 0.1 115 0 0 0 0 0 1 1 0
117 1 0.1 116 0 0 0 0 0 1 1 0
118 1 0.1 117 0 0 0 0 0 1 1 0
119 1 0.1 118 0 0 0 0 0 1 1 0
120 1 0.1 119 0 0 0 0 0 1 1 1
1 1 0.1 0 0 0 0 0 0 0 1 0
2 1 0.1 1 0 0 0 0 0 0 1 0
3 1 0.1 2 0 0 0 0 0 0 1 0
4 1 0.1 3 0 0 0 0 0 0 1 0
5 1 0.1 4 0 0 0 0 0 0 1 0
6 1 0.1 5 0 0 0 0 0 0 1 0
7 1 0.1 6 0 0 0 0 0 0 1 0
8 1 0.1 7 0 0 0 0 0 0 1 0
9 1 0.1 8 0 0 0 0 0 0 1 0
10 1 0.1 9 0 0 0 0 0 0 1 0
11 1 0.1 10 0 0 0 0 0 0 1 0
12 1 0.1 11 0 0 0 0 0 0 1 0
13 1 0.1 12 0 0 0 0 0 0 1 0
14 1 0.1 13 0 0 0 0 0 0 1 0
15 1 0.1 14 0 0 0 0 0 0 1 0
16 1 0.1 15 0 0 0 0 0 0 1 0
17 1 0.1 16 0 0 0 0 0 0 1 0
18 1 0.1 17 0 0 0 0 0 0 1 0
19 1 0.1 18 0 0 0 0 0 0 1 0
20 1 0.1 19 0 0 0 0 0 0 1 0
21 1 0.1 20 0 0 0 0 0 0 1 0
22 1 0.1 21 0 0 0 0 0 0 1 0
23 1 0.1 22 0 0 0 0 0 0 1 0
24 1 0.1 23 0 0 0 0 0 0 1 0
25 1 0.1 24 0 0 0 0 0 0 1 0
26 1 0.1 25 0 0 0 0 0 0 1 0
27 1 0.1 26 0 0 0 0 0 0 1 0
28 1 0.1 27 0 0 0 0 0 0 1 0
29 1 0.1 28 0 0 0 0 0 0 1 0
30 1 0.1 29 0 0 0 0 0 0 1 0
31 1 0.1 30 0 0 0 0 0 0 1 0
32 1 0.1 31 0 0 0 0 0 0 1 0
33 1 0.1 32 0 0 0 0 0 0 1 0
34 1 0.1 33 0 0 0 0 0 0 1 0
35 1 0.1 34 0 0 0 0 0 0 1 0
36 1 0.1 35 0 0 0 0 0 0 1 0
37 1 0.1 36 0 0 0 0 0 0 1 0
38 1 0.1 37 0 0 0 0 0 0 1 0
39 1 0.1 38 0 0 0 0 0 0 1 0
40 1 0.1 39 0 0 0 0 0 0 1 0
41 1 0.1 40 0 0 0 0 0 0 1 0
42 1 0.1 41 0 0 0 0 0 0 1 0
43 1 0.1 42 0 0 0 0 0 0 1 0
44 1 0.1 43 0 0 0 0 0 0 1 0
45 1 0.1 44 0 0 0 0 0 0 1 0
46 1 0.1 45 0 0 0 0 0 0 1 0
47 1 0.1 46 0 0 0 0 0 0 1 0
48 1 0.1 47 0 0 0 0 0 0 1 0
49 1 0.1 48 0 0 0 0 0 0 1 0
50 1 0.1 49 0 0 0 0 0 0 1 0
51 1 0.1 50 0 0 0 0 0 0 1 0
52 1 0.1 51 0 0 0 0 0 0 1 0
53 1 0.1 52 0 0 0 0 0 0 1 0
54 1 0.1 53 0 0 0 0 0 0 1 0
55 1 0.1 54 0 0 0 0 0 0 1 0
56 1 0.1 55 0 0 0 0 0 0 1 0
57 1 0.1 56 0 0 0 0 0 0 1 0
58 1 0.1 57 0 0 0 0 0 0 1 0
59 1 0.1 58 0 0 0 0 0 0 1 0
60 1 0.1 59 0 0 0 0 0 0 1 0
61 1 0.1 60 0 0 0 0 0 0 1 0
62 1 0.1 61 0 0 0 0 0 0 1 0
63 1 0.1 62 0 0 0 0 0 0 1 0
64 1 0.1 63 0 0 0 0 0 0 1 0
65 1 0.1 64 0 0 0 0 0 0 1 0
66 1 0.1 65 0 0 0 0 0 0 1 0
67 1 0.1 66 0 0 0 0 0 0 1 0
68 1 0.1 67 0 0 0 0 0 0 1 0
69 1 0.1 68 0 0 0 0 0 0 1 0
70 1 0.1 69 0 0 0 0 0 0 1 0
71 1 0.1 70 0 0 0 0 0 0 1 0
72 1 0.1 71 0 0 0 0 0 0 1 0
73 1 0.1 72 0 0 0 0 0 0 1 0
74 1 0.1 73 0 0 0 0 0 0 1 0
75 1 0.1 74 0 0 0 0 0 0 1 0
76 1 0.1 75 0 0 0 0 0 0 1 0
77 1 0.1 76 0 0 0 0 0 0 1 0
78 1 0.1 77 0 0 0 0 0 0 1 0
79 1 0.1 78 0 0 0 0 0 0 1 0
80 1 0.1 79 0 0 0 0 0 0 1 0
81 1 0.1 80 0 0 0 0 0 0 1 0
82 1 0.1 81 0 0 0 0 0 0 1 0
83 1 0.1 82 0 0 0 0 0 0 1 0
84 1 0.1 83 0 0 0 0 0 0 1 0
85 1 0.1 84 0 0 0 0 0 0 1 0
86 1 0.1 85 0 0 0 0 0 0 1 0
87 1 0.1 86 0 0 0 0 0 0 1 0
88 1 0.1 87 0 0 0 0 0 0 1 0
89 1 0.1 88 0 0 0 0 0 0 1 0
90 1 0.1 89 0 0 0 0 0 0 1 0
91 1 0.1 90 0 0 0 0 0 0 1 0
92 1 0.1 91 0 0 0 0 0 0 1 0
93 1 0.1 92 0 0 0 0 0 0 1 0
94 1 0.1 93 0 0 0 0 0 0 1 0
95 1 0.1 94 0 0 0 0 0 0 1 0
96 1 0.1 95 0 0 0 0 0 0 1 0
97 1 0.1 96 0 0 0 0 0 0 1 0
98 1 0.1 97 0 0 0 0 0 0 1 0
99 1 0.1 98 0 0 0 0 0 0 1 0
100 1 0.1 99 0 0 0 0 0 0 1 0
101 1 0.1 100 0 0 0 0 0 0 1 0
102 1 0.1 101 0 0 0 0 0 0 1 0
103 1 0.1 102 0 0 0 0 0 0 1 0
104 1 0.1 103 0 0 0 0 0 0 1 0
105 1 0.1 104 0 0 0 0 0 0 1 0
106 1 0.1 105 0 0 0 0 0 0 1 0
107 1 0.1 106 0 0 0 0 0 0 1 0
108 1 0.1 107 0 0 0 0 0 0 1 0
109 1 0.1 108 0 0 0 0 0 0 1 0
110 1 0.1 109 0 0 0 0 0 0 1 0
111 1 0.1 110 0 0 0 0 0 0 1 0
112 1 0.1 111 0 0 0 0 0 0 1 0
113 1 0.1 112 0 0 0 0 0 0 1 0
114 1 0.1 113 0 0 0 0 0 0 1 0
115 1 0.1 114 0 0 0 0 0 0 1 0
116 1 0.1 115 0 0 0 0 0 0 1 0
117 1 0.1 116 0 0 0 0 0 0 1 0
118 1 0.1 117 0 0 0 0 0 0 1 0
119 1 0.1 118 0 0 0 0 0 0 1 0
120 1 0.1 119 0 0 0 0 0 1 1 1
examples/case06/input/input.txt
+13 -10
View File
@@ -19,10 +19,10 @@ save_trajectory: 0 # 0=不保留完整轨迹文件, 1=保留 trajectory.txt（
# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
# 可选: python, c, cpp, fortran, java
engine: python # 默认使用 python 引擎
engine: c # 默认使用 python 引擎
# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
box_a: 80.0 # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
box_a: 300.0 # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
# 坐标文件格式：
@@ -39,7 +39,7 @@ plot_atom: 1
# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
# 三个方向分量分别对应 x, y, z
G: [0.00, 0.00, 0.00] # 重力场分量 (m/s²)
B: [0.02, 0.00, 0.02] # 阻尼分量
B: [0.01, 0.00, 0.01] # 阻尼分量
# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
gravity_field: 0 # 均匀重力场 (G)
@@ -66,13 +66,13 @@ warmup_steps: 0 # 默认 0（立即开始记录）
# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
T_total: 100.0
T_total: 1000.0
# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
NSTEP: 10
NSTEP: 500
# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
DT: 0.01 # 时间步长 (s)
DT: 0.001 # 时间步长 (s)
# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
sample_start: null # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
@@ -102,7 +102,10 @@ box_color_g: 0.80
box_color_b: 0.85
# ── 摄像机初始位置 ────────────────────────────
camera_distance: 40.0 # 摄像机到场景中心的距离
camera_elevation: 0 # 俯仰角（度），负值=俯视
camera_azimuth: 0 # 方位角（度）
move_camera: 1 # 0=固定视角, 1=按 move_camera.txt 运动
camera_distance: 120.0 # 摄像机到场景中心的距离
camera_elevation: 0.0 # 俯仰角（度），负值=俯视
camera_azimuth: 0.0 # 方位角（度）
camera_center_x: 60.0 # 摄像机注视点 x
camera_center_y: 0.0 # 摄像机注视点 y
camera_center_z: 0.0 # 摄像机注视点 z
move_camera: 0 # 0=固定视角, 1=按 move_camera.txt 运动