docs: 更新 examples/Readme.md 并新增 Readme.html
- 覆盖全部 10 个案例（原 Readme 只到 case06） - 新增案例选择指南表格 - Readme.html 为深色主题独立 HTML 页面 （含卡片布局、标签分类、代码高亮、响应式设计） - 各案例详情对齐最新配置参数
This commit is contained in:
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bond_name k rest_length
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n1 n2 bond_name
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@@ -0,0 +1,121 @@
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n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
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1 1 0.1 0 0 0 0 0 0 0 1 0
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37 1 0.1 36 0 0 0 0 0 0 1 0
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39 1 0.1 38 0 0 0 0 0 0 1 0
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40 1 0.1 39 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
41 1 0.1 40 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
42 1 0.1 41 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
43 1 0.1 42 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
44 1 0.1 43 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
45 1 0.1 44 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
46 1 0.1 45 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
47 1 0.1 46 0 0 0 0 0 0 1 0
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48 1 0.1 47 0 0 0 0 0 0 1 0
|
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49 1 0.1 48 0 0 0 0 0 0 1 0
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50 1 0.1 49 0 0 0 0 0 0 1 0
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51 1 0.1 50 0 0 0 0 0 0 1 0
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52 1 0.1 51 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
53 1 0.1 52 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
54 1 0.1 53 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
55 1 0.1 54 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
56 1 0.1 55 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
57 1 0.1 56 0 0 0 0 0 0 1 0
|
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58 1 0.1 57 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
59 1 0.1 58 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
60 1 0.1 59 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
61 1 0.1 60 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
62 1 0.1 61 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
63 1 0.1 62 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
64 1 0.1 63 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
65 1 0.1 64 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
66 1 0.1 65 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
67 1 0.1 66 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
68 1 0.1 67 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
69 1 0.1 68 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
70 1 0.1 69 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
71 1 0.1 70 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
72 1 0.1 71 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
73 1 0.1 72 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
74 1 0.1 73 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
75 1 0.1 74 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
76 1 0.1 75 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
77 1 0.1 76 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
78 1 0.1 77 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
79 1 0.1 78 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
80 1 0.1 79 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
81 1 0.1 80 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
82 1 0.1 81 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
83 1 0.1 82 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
84 1 0.1 83 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
85 1 0.1 84 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
86 1 0.1 85 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
87 1 0.1 86 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
88 1 0.1 87 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
89 1 0.1 88 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
90 1 0.1 89 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
91 1 0.1 90 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
92 1 0.1 91 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
93 1 0.1 92 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
94 1 0.1 93 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
95 1 0.1 94 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
96 1 0.1 95 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
97 1 0.1 96 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
98 1 0.1 97 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
99 1 0.1 98 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
100 1 0.1 99 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
101 1 0.1 100 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
102 1 0.1 101 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
103 1 0.1 102 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
104 1 0.1 103 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
105 1 0.1 104 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
106 1 0.1 105 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
107 1 0.1 106 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
108 1 0.1 107 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
109 1 0.1 108 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
110 1 0.1 109 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
111 1 0.1 110 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
112 1 0.1 111 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
113 1 0.1 112 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
114 1 0.1 113 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
115 1 0.1 114 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
116 1 0.1 115 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
117 1 0.1 116 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
118 1 0.1 117 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
119 1 0.1 118 0 0 0 0 0 0 1 0
|
||||
120 1 0.1 119 0 0 0 0 0 1 1 1
|
||||
@@ -0,0 +1,3 @@
|
||||
n amp_x amp_y amp_z freq_x freq_y freq_z phi_x phi_y phi_z period
|
||||
1 0 0 0.1 0 0 0.01333 0 0 90 all
|
||||
120 0 0 0.1 0 0 0.01333 0 0 90 all
|
||||
@@ -0,0 +1,114 @@
|
||||
# 物理模拟参数配置
|
||||
# 格式：YAML
|
||||
# 用法：python run_dynamics.py
|
||||
|
||||
# ── 流程控制 ──────────────────────────────────
|
||||
# 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
|
||||
# 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
|
||||
step_simulate: 1 # 运行物理模拟 → output/display.txt（引擎直接抽帧）
|
||||
step_sample: 0 # （旧版）从 trajectory.txt 重新抽帧，默认0=不执行
|
||||
step_plot: 0 # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
|
||||
step_animation: 0 # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
|
||||
step_plot_wave: 1 # 绘制波形能量动画
|
||||
force_calc: 1 # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
|
||||
plot_wave_save_gif: 0 # 输出波形 GIF（需 step_plot_wave=1）
|
||||
plot_wave_save_mp4: 0 # 输出波形 MP4（需 step_plot_wave=1）
|
||||
|
||||
# ── 文件保存 ──────────────────────────────────
|
||||
save_trajectory: 0 # 0=不保留完整轨迹文件, 1=保留 trajectory.txt（用于后续单独抽帧）
|
||||
|
||||
# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
|
||||
# 可选: python, c, cpp, fortran, java
|
||||
engine: c # 默认使用 python 引擎
|
||||
|
||||
# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
|
||||
box_a: 300.0 # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
|
||||
|
||||
# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
|
||||
# 坐标文件格式：
|
||||
# 第一行：n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
|
||||
# 后续行：原子序号 质量 半径 x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
|
||||
coord_file: input/coord.txt
|
||||
connection_file: input/connection.txt
|
||||
bond_file: input/bond.txt
|
||||
driver_file: input/driver.txt # 驱动力定义文件（driving_force=1 时生效）
|
||||
|
||||
# 绘图/动画展示的原子序号（对应 coord_file 第一列 n）
|
||||
plot_atom: 1
|
||||
|
||||
# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
|
||||
# 三个方向分量分别对应 x, y, z
|
||||
G: [0.000, 0.000, 0.000] # 重力场分量 (m/s²)
|
||||
B: [0.005, 0.000, 0.005] # 阻尼分量
|
||||
|
||||
# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
|
||||
gravity_field: 0 # 均匀重力场 (G)
|
||||
gravity_interaction: 0 # 原子间万有引力
|
||||
elastic_force: 1 # 弹簧键力
|
||||
damping_force: 1 # 阻尼 (B)
|
||||
driving_force: 1 # 驱动力（需 driver_file 定义）
|
||||
#
|
||||
gravity_strength: 1.0 # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
|
||||
|
||||
# ── 数值算法 ──────────────────────────────────
|
||||
# 可选：
|
||||
# explicit_euler 显式欧拉法
|
||||
# implicit_euler 隐式欧拉法
|
||||
# midpoint 中点法
|
||||
# leapfrog 蛙跳法
|
||||
method: leapfrog
|
||||
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# ── 步骤控制 ──────────────────────────────────
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# 以下参数控制哪些步骤被执行和保存
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# 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
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warmup_steps: 0 # 默认 0（立即开始记录）
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# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
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# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
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T_total: 1000.0
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# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
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NSTEP: 500
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# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
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DT: 0.001 # 时间步长 (s)
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# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
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sample_start: null # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
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sample_end: null # null 表示到末尾
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# ── 渲染方式 ──────────────────────────────────
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# 3D 动画中原子渲染方式：
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# 0 = Sphere （网格球体，效果精细，原子数少时推荐）
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# 1 = Marker （GPU 实例化点，原子数多时性能更佳）
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use_marker: 1
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# ── 显示参数 ──────────────────────────────────
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# 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序
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alpha: [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
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# 小球颜色
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# 小球半径从 coord_file 的 radius 列读取
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ball_color_r: 0.20 # R 分量 (0~1)
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ball_color_g: 0.60 # G 分量
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ball_color_b: 0.90 # B 分量
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# 盒子面颜色
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box_color_r: 0.80
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box_color_g: 0.80
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box_color_b: 0.85
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# ── 摄像机初始位置 ────────────────────────────
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camera_distance: 120.0 # 摄像机到场景中心的距离
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camera_elevation: 0.0 # 俯仰角（度），负值=俯视
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camera_azimuth: 0.0 # 方位角（度）
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camera_center_x: 60.0 # 摄像机注视点 x
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camera_center_y: 0.0 # 摄像机注视点 y
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camera_center_z: 0.0 # 摄像机注视点 z
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move_camera: 0 # 0=固定视角, 1=按 move_camera.txt 运动
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# ── 视觉放大 ──────────────────────────────────
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display_amp: [1.0, 1.0, 10.0] # x/y/z 方向视觉位移放大倍数（不影响物理）
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@@ -0,0 +1,9 @@
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# move_camera.txt — 摄像机速度段驱动
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# 格式: start-end vx=f vy=f vz=f rx=d ry=d rz=d
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# vx/vy/vz: 平移速度（每帧移动单位）
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# rx/ry/rz: 旋转速度（每帧度数）
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# rx → elevation（俯仰）, ry → azimuth（方位）, rz → (预留)
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# 示例：前60帧向右平移+绕x旋转，30-90帧向上平移+绕y绕z旋转
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all vx=0.02
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# 30-90 vy=0.02 ry=1 rz=1
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