docs: 更新 examples/Readme.md 并新增 Readme.html
- 覆盖全部 10 个案例（原 Readme 只到 case06） - 新增案例选择指南表格 - Readme.html 为深色主题独立 HTML 页面 （含卡片布局、标签分类、代码高亮、响应式设计） - 各案例详情对齐最新配置参数
This commit is contained in:
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bond_name k rest_length
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k1 300.0 1.0
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n1 n2 bond_name
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1 2 k1
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2 3 k1
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3 4 k1
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4 5 k1
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5 6 k1
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6 7 k1
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7 8 k1
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8 9 k1
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9 10 k1
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10 11 k1
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11 12 k1
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12 13 k1
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13 14 k1
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14 15 k1
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15 16 k1
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16 17 k1
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17 18 k1
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18 19 k1
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19 20 k1
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29 30 k1
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31 32 k1
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32 33 k1
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33 34 k1
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34 35 k1
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39 40 k1
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n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
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1 1 0.1 0 0 0 0 0 0 0 1 0
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2 1 0.1 1 0 0 0 0 0 0 1 0
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3 1 0.1 2 0 0 0 0 0 0 1 0
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4 1 0.1 3 0 0 0 0 0 0 1 0
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5 1 0.1 4 0 0 0 0 0 0 1 0
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6 1 0.1 5 0 0 0 0 0 0 1 0
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7 1 0.1 6 0 0 0 0 0 0 1 0
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8 1 0.1 7 0 0 0 0 0 0 1 0
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9 1 0.1 8 0 0 0 0 0 0 1 0
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10 1 0.1 9 0 0 0 0 0 0 1 0
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11 1 0.1 10 0 0 0 0 0 0 1 0
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12 1 0.1 11 0 0 0 0 0 0 1 0
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13 1 0.1 12 0 0 0 0 0 0 1 0
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14 1 0.1 13 0 0 0 0 0 0 1 0
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15 1 0.1 14 0 0 0 0 0 0 1 0
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16 1 0.1 15 0 0 0 0 0 0 1 0
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17 1 0.1 16 0 0 0 0 0 0 1 0
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18 1 0.1 17 0 0 0 0 0 0 1 0
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19 1 0.1 18 0 0 0 0 0 0 1 0
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20 1 0.1 19 0 0 0 0 0 0 1 0
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21 1 0.1 20 0 0 0 0 0 0 1 0
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22 1 0.1 21 0 0 0 0 0 0 1 0
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23 1 0.1 22 0 0 0 0 0 0 1 0
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24 1 0.1 23 0 0 0 0 0 0 1 0
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25 1 0.1 24 0 0 0 0 0 0 1 0
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26 1 0.1 25 0 0 0 0 0 0 1 0
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27 1 0.1 26 0 0 0 0 0 0 1 0
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28 1 0.1 27 0 0 0 0 0 0 1 0
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29 1 0.1 28 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
30 1 0.1 29 0 0 0 0 0 0 1 0
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31 1 0.1 30 0 0 0 0 0 0 1 0
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32 1 0.1 31 0 0 0 0 0 0 1 0
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33 1 0.1 32 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
34 1 0.1 33 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
35 1 0.1 34 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
36 1 0.1 35 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
37 1 0.1 36 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
38 1 0.1 37 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
39 1 0.1 38 0 0 0 0 0 0 1 0
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||||
40 1 0.1 39 0 0 0 0 0 1 1 1
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@@ -0,0 +1,2 @@
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||||
n amp_x amp_y amp_z freq_x freq_y freq_z phi_x phi_y phi_z period
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1 0 0 0.1 0 0 0.04 0 0 90 all
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@@ -0,0 +1,114 @@
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||||
# 物理模拟参数配置
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# 格式：YAML
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# 用法：python run_dynamics.py
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# ── 流程控制 ──────────────────────────────────
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# 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
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# 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
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step_simulate: 1 # 运行物理模拟 → output/display.txt（引擎直接抽帧）
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step_sample: 0 # （旧版）从 trajectory.txt 重新抽帧，默认0=不执行
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step_plot: 0 # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
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||||
step_animation: 1 # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
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step_plot_wave: 1 # 绘制波形能量动画
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||||
force_calc: 1 # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
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||||
plot_wave_save_gif: 0 # 输出波形 GIF（需 step_plot_wave=1）
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||||
plot_wave_save_mp4: 0 # 输出波形 MP4（需 step_plot_wave=1）
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||||
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||||
# ── 文件保存 ──────────────────────────────────
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||||
save_trajectory: 0 # 0=不保留完整轨迹文件, 1=保留 trajectory.txt（用于后续单独抽帧）
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# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
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||||
# 可选: python, c, cpp, fortran, java
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||||
engine: fortran # 默认使用 python 引擎
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# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
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||||
box_a: 300.0 # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
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||||
# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
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||||
# 坐标文件格式：
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# 第一行：n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
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# 后续行：原子序号 质量 半径 x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
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coord_file: input/coord.txt
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connection_file: input/connection.txt
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||||
bond_file: input/bond.txt
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||||
driver_file: input/driver.txt # 驱动力定义文件（driving_force=1 时生效）
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||||
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||||
# 绘图/动画展示的原子序号（对应 coord_file 第一列 n）
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||||
plot_atom: 1
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||||
# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
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||||
# 三个方向分量分别对应 x, y, z
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G: [0.000, 0.000, 0.000] # 重力场分量 (m/s²)
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||||
B: [0.005, 0.000, 0.005] # 阻尼分量
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||||
# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
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||||
gravity_field: 0 # 均匀重力场 (G)
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gravity_interaction: 0 # 原子间万有引力
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||||
elastic_force: 1 # 弹簧键力
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||||
damping_force: 0 # 阻尼 (B)
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||||
driving_force: 1 # 驱动力（需 driver_file 定义）
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||||
#
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||||
gravity_strength: 1.0 # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
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||||
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||||
# ── 数值算法 ──────────────────────────────────
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# 可选：
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# explicit_euler 显式欧拉法
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# implicit_euler 隐式欧拉法
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# midpoint 中点法
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# leapfrog 蛙跳法
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||||
method: leapfrog
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# ── 步骤控制 ──────────────────────────────────
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||||
# 以下参数控制哪些步骤被执行和保存
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# 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
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||||
warmup_steps: 0 # 默认 0（立即开始记录）
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||||
# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
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# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
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||||
T_total: 200.0
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||||
# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
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||||
NSTEP: 100
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||||
# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
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||||
DT: 0.001 # 时间步长 (s)
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||||
# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
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||||
sample_start: null # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
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||||
sample_end: null # null 表示到末尾
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||||
# ── 渲染方式 ──────────────────────────────────
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# 3D 动画中原子渲染方式：
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# 0 = Sphere （网格球体，效果精细，原子数少时推荐）
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||||
# 1 = Marker （GPU 实例化点，原子数多时性能更佳）
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use_marker: 1
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||||
# ── 显示参数 ──────────────────────────────────
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||||
# 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序
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||||
alpha: [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
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# 小球颜色
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||||
# 小球半径从 coord_file 的 radius 列读取
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ball_color_r: 0.20 # R 分量 (0~1)
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ball_color_g: 0.60 # G 分量
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||||
ball_color_b: 0.90 # B 分量
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||||
# 盒子面颜色
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||||
box_color_r: 0.80
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||||
box_color_g: 0.80
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||||
box_color_b: 0.85
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||||
# ── 摄像机初始位置 ────────────────────────────
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||||
camera_distance: 60.0 # 摄像机到场景中心的距离
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||||
camera_elevation: 0.0 # 俯仰角（度），负值=俯视
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||||
camera_azimuth: 0.0 # 方位角（度）
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||||
camera_center_x: 30.0 # 摄像机注视点 x
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||||
camera_center_y: 0.0 # 摄像机注视点 y
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||||
camera_center_z: 0.0 # 摄像机注视点 z
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||||
move_camera: 0 # 0=固定视角, 1=按 move_camera.txt 运动
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# ── 视觉放大 ──────────────────────────────────
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||||
display_amp: [1.0, 1.0, 10.0] # x/y/z 方向视觉位移放大倍数（不影响物理）
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@@ -0,0 +1,9 @@
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||||
# move_camera.txt — 摄像机速度段驱动
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||||
# 格式: start-end vx=f vy=f vz=f rx=d ry=d rz=d
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# vx/vy/vz: 平移速度（每帧移动单位）
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# rx/ry/rz: 旋转速度（每帧度数）
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# rx → elevation（俯仰）, ry → azimuth（方位）, rz → (预留)
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#
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# 示例：前60帧向右平移+绕x旋转，30-90帧向上平移+绕y绕z旋转
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all vx=0.02
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# 30-90 vy=0.02 ry=1 rz=1
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