docs: 更新 examples/Readme.md 并新增 Readme.html

- 覆盖全部 10 个案例（原 Readme 只到 case06）
- 新增案例选择指南表格
- Readme.html 为深色主题独立 HTML 页面
  （含卡片布局、标签分类、代码高亮、响应式设计）
- 各案例详情对齐最新配置参数

examples/case10/input/input.txt

@@ -0,0 +1,114 @@
+# 物理模拟参数配置
+# 格式：YAML
+# 用法：python run_dynamics.py
+
+# ── 流程控制 ──────────────────────────────────
+# 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
+# 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
+step_simulate:  1   # 运行物理模拟 → output/display.txt（引擎直接抽帧）
+step_sample:    0   # （旧版）从 trajectory.txt 重新抽帧，默认0=不执行
+step_plot:      1   # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
+step_animation: 0   # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
+step_plot_wave: 1   # 绘制波形能量动画
+force_calc: 1       # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
+plot_wave_save_gif: 0  # 输出波形 GIF（需 step_plot_wave=1）
+plot_wave_save_mp4: 0  # 输出波形 MP4（需 step_plot_wave=1）
+
+# ── 文件保存 ──────────────────────────────────
+save_trajectory: 0  # 0=不保留完整轨迹文件, 1=保留 trajectory.txt（用于后续单独抽帧）
+
+# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
+# 可选: python, c, cpp, fortran, java
+engine: c # 默认使用 python 引擎
+
+# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
+box_a: 300.0         # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
+
+# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
+# 坐标文件格式：
+#   第一行：n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
+#   后续行：原子序号 质量 半径 x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
+coord_file: input/coord.txt
+connection_file: input/connection.txt
+bond_file: input/bond.txt
+driver_file: input/driver.txt     # 驱动力定义文件（driving_force=1 时生效）
+
+# 绘图/动画展示的原子序号（对应 coord_file 第一列 n）
+plot_atom: 1
+
+# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
+# 三个方向分量分别对应 x, y, z
+G: [0.000, 0.000, 0.000]   # 重力场分量 (m/s²)
+B: [0.005, 0.000, 0.005]   # 阻尼分量
+
+# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
+gravity_field: 0         # 均匀重力场 (G)
+gravity_interaction: 0   # 原子间万有引力
+elastic_force: 1         # 弹簧键力
+damping_force: 0         # 阻尼 (B)
+driving_force: 1         # 驱动力（需 driver_file 定义）
+#
+gravity_strength: 1.0    # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
+
+# ── 数值算法 ──────────────────────────────────
+# 可选：
+#   explicit_euler  显式欧拉法
+#   implicit_euler  隐式欧拉法
+#   midpoint        中点法
+#   leapfrog        蛙跳法
+method: leapfrog
+
+# ── 步骤控制 ──────────────────────────────────
+# 以下参数控制哪些步骤被执行和保存
+
+# 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
+warmup_steps: 0           # 默认 0（立即开始记录）
+
+# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
+# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
+T_total:  10.0
+
+# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
+NSTEP: 20
+
+# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
+DT:    0.001         # 时间步长 (s)
+
+# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
+sample_start: null        # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
+sample_end: null          # null 表示到末尾
+
+
+
+# ── 渲染方式 ──────────────────────────────────
+# 3D 动画中原子渲染方式：
+#   0 = Sphere （网格球体，效果精细，原子数少时推荐）
+#   1 = Marker （GPU 实例化点，原子数多时性能更佳）
+use_marker: 1
+
+# ── 显示参数 ──────────────────────────────────
+# 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序
+alpha: [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
+
+# 小球颜色
+# 小球半径从 coord_file 的 radius 列读取
+ball_color_r: 0.20  # R 分量 (0~1)
+ball_color_g: 0.60  # G 分量
+ball_color_b: 0.90  # B 分量
+
+# 盒子面颜色
+box_color_r:  0.80
+box_color_g:  0.80
+box_color_b:  0.85
+
+# ── 摄像机初始位置 ────────────────────────────
+camera_distance:   120.0    # 摄像机到场景中心的距离
+camera_elevation:    0.0    # 俯仰角（度），负值=俯视
+camera_azimuth:      0.0    # 方位角（度）
+camera_center_x:    60.0    # 摄像机注视点 x
+camera_center_y:     0.0    # 摄像机注视点 y
+camera_center_z:     0.0    # 摄像机注视点 z
+move_camera:         0      # 0=固定视角, 1=按 move_camera.txt 运动
+
+# ── 视觉放大 ──────────────────────────────────
+display_amp: [1.0, 1.0, 10.0]   # x/y/z 方向视觉位移放大倍数（不影响物理）