docs: case05纵波 + case06横波一维原子链

- case05 Readme.md 更新为纵波模拟描述 - case05 run_dynamics.py 注释更新 - case06 创建为一维原子链横波模拟 - coord.txt: fix_x=1, fix_y=1, fix_z=0 (z方向自由) - driver.txt: amp_z=0.5, freq_z=0.1, phi_z=90° - input.txt: 横波配置 + step_plot_wave - Readme.md + doc/index.html + run_dynamics.py - 模拟验证通过 (50000步/30s)
2026-06-11 13:27:43 +08:00
parent 80520590d1
commit 131f52fe19
10 changed files with 119 additions and 99 deletions
@@ -8,6 +8,7 @@
 step_simulate:  1   # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
 step_sample:    1   # 抽帧 → output/display.txt
 step_plot:      0   # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
+step_plot_wave: 0   # 绘制波形能量动画 → output/wave_animation.gif
 step_animation: 1   # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
 force_calc: 0       # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出

@@ -63,7 +64,7 @@ warmup_steps: 0           # 默认 0（立即开始记录）
 T_total: 50.0

 # 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
-NSTEP: 50
+NSTEP: 100

 # ── 时间步长 ──────────────────────────────────
 DT:    0.001         # 时间步长 (s)