modified: CMakeLists.txt

modified:   INSTALL.md
	modified:   README.md
	modified:   build_release_zip.py
	modified:   compute.py
	new file:   doc/index.html
	modified:   dynamics.py
	modified:   engines/c/main.c
	modified:   engines/cpp/main.cpp
	modified:   engines/fortran/main.f90
	modified:   examples/case01/input/coord.txt
	renamed:    examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt
	modified:   examples/case01/run_dynamics.py
	new file:   examples/case02/input/bond.txt
	new file:   examples/case02/input/connection.txt
	new file:   examples/case02/input/coord.txt
	new file:   examples/case02/input/input.txt
	new file:   examples/case02/run_dynamics.py

README.md

@@ -3,7 +3,7 @@
 多语言动力学数值积分与轨迹可视化框架。
 
 支持 Python、C、C++、Fortran 多种语言实现同一套物理引擎，共享同一套可视化管线
-（抽帧、绘图、3D 动画），直接在 `parameters.yaml` 中切换引擎即可对比性能。
+（抽帧、绘图、3D 动画），直接在 `input.txt` 中切换引擎即可对比性能。
 
 ## 快速开始
 
@@ -46,7 +46,7 @@ Dynamics/
 ├── examples/
 │   └── case01/
 │       ├── input/
-│       │   ├── parameters.yaml  ← 唯一配置文件
+│       │   ├── input.txt         ← 唯一配置文件（YAML 格式）
 │       │   ├── coord.txt
 │       │   ├── connection.txt
 │       │   └── bond.txt
@@ -59,7 +59,7 @@ Dynamics/
 └── .workbuddy/memory/        ← 工作记忆（AI 辅助开发用）
 ```
 
-## 配置文件 (`parameters.yaml`)
+## 配置文件 (`input.txt` — YAML 格式)
 
 所有控制集中在一个文件里：
 
@@ -91,7 +91,7 @@ alpha: [0.0, 0.0, 0.2, 0.2, 0.0, 0.0]
 ### 一键切换
 
 ```yaml
-# parameters.yaml 中改一行
+# input.txt 中改一行
 engine: c        # 切换到 C 引擎
 engine: python   # 切回 Python
 ```
@@ -187,7 +187,7 @@ pip install numpy pyyaml tqdm matplotlib vispy PyQt5
 ## 工作原理
 
 ```
-parameters.yaml
+input.txt
       │
       ▼
  dynamics.py ──→ run_from_config() 加载全局参数