modified: CMakeLists.txt

modified:   INSTALL.md
	modified:   README.md
	modified:   build_release_zip.py
	modified:   compute.py
	new file:   doc/index.html
	modified:   dynamics.py
	modified:   engines/c/main.c
	modified:   engines/cpp/main.cpp
	modified:   engines/fortran/main.f90
	modified:   examples/case01/input/coord.txt
	renamed:    examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt
	modified:   examples/case01/run_dynamics.py
	new file:   examples/case02/input/bond.txt
	new file:   examples/case02/input/connection.txt
	new file:   examples/case02/input/coord.txt
	new file:   examples/case02/input/input.txt
	new file:   examples/case02/run_dynamics.py

examples/case02/input/bond.txt

@@ -0,0 +1,2 @@
+bond_name k rest_length
+k1 100.0 2.0

examples/case02/input/connection.txt

@@ -0,0 +1,2 @@
+n1 n2 bond_name
+

examples/case02/input/coord.txt

@@ -0,0 +1,3 @@
+n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
+1 1 0.28  0 0 0  0 0 0 1 1 1
+2 1 0.28  0 0 4  0 4 0 0 0 0

examples/case02/input/input.txt

@@ -0,0 +1,93 @@
+# 物理模拟参数配置
+# 格式：YAML
+# 用法：python run_dynamics.py
+
+# ── 流程控制 ──────────────────────────────────
+# 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
+# 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
+step_simulate:  1   # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
+step_sample:    1   # 抽帧 → output/display.txt
+step_plot:      1   # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
+step_animation: 1   # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
+force_calc: 0       # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
+
+# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
+# 可选: python, c, cpp, fortran, java
+# python = Python 参考实现(compute.py)
+# c     = C 引擎 (engines/c/build/dynamics_c)
+# cpp   = C++ 引擎 (engines/cpp/build/dynamics_cpp)
+# fortran = Fortran 引擎 (engines/fortran/build/dynamics_f90)
+engine: python        # 默认使用 Python 引擎
+
+# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
+box_a: 20.0         # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
+
+# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
+# 坐标文件格式：
+#   第一行：n mass radius x y z vx vy vz
+#   后续行：原子序号 质量 半径 x y z vx vy vz
+coord_file: input/coord.txt
+connection_file: input/connection.txt
+bond_file: input/bond.txt
+
+# 绘图/动画展示的原子序号（对应 coord_file 第一列 n）
+plot_atom: 1
+
+# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
+# 三个方向分量分别对应 x, y, z
+G: [0.0, 0.0, -9.8]   # 重力场分量 (m/s²)
+# B: [0.5, 0.5, 0.5]    # 阻尼分量
+B: [0.0, 0.0, 0.0]    # 阻尼分量
+
+# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
+gravity_field: 0         # 均匀重力场 (G)
+gravity_interaction: 1   # 原子间万有引力
+elastic_force: 0         # 弹簧键力
+damping_force: 0         # 阻尼 (B)
+#
+gravity_strength: 100.0    # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
+
+# ── 数值算法 ──────────────────────────────────
+# 可选：
+#   explicit_euler  显式欧拉法
+#   implicit_euler  隐式欧拉法
+#   midpoint        中点法
+#   leapfrog        蛙跳法
+method: leapfrog
+
+# ── 步骤控制 ──────────────────────────────────
+# 以下参数控制哪些步骤被执行和保存
+
+# 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
+warmup_steps: 0           # 默认 0（立即开始记录）
+
+# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
+# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
+T_total: 10.0
+
+# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
+NSTEP: 100
+
+# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
+DT:    0.001         # 时间步长 (s)
+
+# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
+sample_start: null        # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
+sample_end: null           # null 表示到末尾
+
+
+
+# ── 显示参数 ──────────────────────────────────
+# 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序
+alpha: [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.5]
+
+# 小球颜色
+# 小球半径从 coord_file 的 radius 列读取
+ball_color_r: 0.90  # R 分量 (0~1)
+ball_color_g: 0.20  # G 分量
+ball_color_b: 0.20  # B 分量
+
+# 盒子面颜色
+box_color_r:  0.80
+box_color_g:  0.80
+box_color_b:  0.85