feat: display.txt 传递原子半径数组，draw.py 读取 per-atom 半径

之前所有原子使用统一的 ball_radius（来自 input.txt），现在 display.txt header 包含 atom_radii 字段（逗号分隔的半径数组），draw.py 据此为每个原子设置独立半径。 fallback：若没有 atom_radii 字段，仍使用 ball_radius。
2026-06-12 07:46:28 +08:00
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commit 757a891a43
3 changed files with 10 additions and 3 deletions
@@ -253,7 +253,8 @@ def run_case(config_path, runtime_base, input_dir="input", output_dir="output",
                  "gravity_strength": str(data.get("gravity_strength", 1.0)),
                  "driving_force": str(data.get("driving_force", 0)),
                  "use_marker": str(config.get("use_marker", 0)),
-                  "alpha": _fmt_alpha(data.get("alpha", 0.2))}
+                  "alpha": _fmt_alpha(data.get("alpha", 0.2)),
+                  "atom_radii": _fmt_alpha(data.get("atom_radii", []))}
            
            n_frames = len(indices)
            compute.save_display_txt(