refactor: 源码迁至 engines/src/，删除旧的 engines/{c,cpp,fortran}/

- 删除 engines/{c,cpp,fortran}/ 目录（源码和 Makefile 已移至 src/）
- engines/src/{c,cpp,fortran}/: 清理 main.*/bak 等无用文件
- Makefile 改为直接编译 DLL 到 engines/release/
- .gitignore: 更新路径指向 engines/src/*/build/
- engine_dll.py: 更新注释中的编译命令路径

engines/engine_dll.py

@@ -12,9 +12,11 @@ Python ctypes 包装器：加载 C/C++/Fortran 动态链接库并调用 run_dyna
     # arrays: dict with keys x, y, z, vx, vy, vz  shape=(n_frames, n_atoms)
 
 DLL 编译（C 版本）：
-  Windows:  gcc -O3 -shared -o engines/c/build/dynamics_c.dll engines/c/dynamics_lib.c -lm
-  Linux:    gcc -O3 -shared -fPIC -o engines/c/build/dynamics_c.so  engines/c/dynamics_lib.c -lm
-  macOS:    gcc -O3 -dynamiclib -o engines/c/build/dynamics_c.dylib engines/c/dynamics_lib.c -lm
+  Windows:  gcc -O3 -shared -o engines/release/dynamics_c.dll engines/src/c/dynamics_lib.c -lm
+  Linux:    gcc -O3 -shared -fPIC -o engines/release/dynamics_c.so  engines/src/c/dynamics_lib.c -lm
+  macOS:    gcc -O3 -dynamiclib -o engines/release/dynamics_c.dylib engines/src/c/dynamics_lib.c -lm
+或用 make dll 一键编译：
+  cd engines/src/c && make dll
 """
 
 import ctypes