feat: 新增波形能量动画系统 plot_wave.py

- 创建 plot_wave.py: 从 display.txt 读取原子位移数据
  绘制纵波(x) + 横波(y) + 横波(z) 波形随时间的动画
  同时绘制系统动能/弹性势能/总能量/输入功率(dE/dt)时变曲线
  输出 wave_animation.gif
- 所有 input.txt 新增 step_plot_wave: 0 开关
- case05 开启 step_plot_wave: 1
- dynamics.py disp_data 新增 bond_stiffness/bond_rest_lengths
- 更新案例文档

dynamics.py

@@ -125,7 +125,7 @@ def run_case(config_path, runtime_base, input_dir="input", output_dir="output",
             print(f"[run] 同时指定了 T_total 和 NT，使用 NT={config['NT']}")
 
         # 显示步骤控制信息
-        steps_info = {k: config.get(k, 1) for k in ["step_simulate", "step_sample", "step_plot", "step_animation"]}
+        steps_info = {k: config.get(k, 1) for k in ["step_simulate", "step_sample", "step_plot", "step_plot_wave", "step_animation"]}
         step_flags = ", ".join(f"{k}={v}" for k, v in steps_info.items())
         print(f"[run] 步骤开关: {step_flags}")
 
@@ -295,6 +295,8 @@ def run_case(config_path, runtime_base, input_dir="input", output_dir="output",
                 "atom_velocities": data["atom_velocities"] if "atom_velocities" in data else np.array([[float(data["VX0"]), float(data["VY0"]), float(data["VZ0"])]]),
                 "atom_fixed": data["atom_fixed"] if "atom_fixed" in data else np.array([[0, 0, 0]]),
                 "bond_pairs": data.get("bond_pairs", np.zeros((0, 2), dtype=np.int64)).tolist(),
+                "bond_stiffness": data.get("bond_stiffness", np.zeros(0, dtype=np.float64)).tolist(),
+                "bond_rest_lengths": data.get("bond_rest_lengths", np.zeros(0, dtype=np.float64)).tolist(),
                 "warmup_steps": warmup_steps,
                 "sample_start": sample_start,
                 "sample_end": sample_end,
@@ -500,6 +502,15 @@ def run_case(config_path, runtime_base, input_dir="input", output_dir="output",
         else:
             print("[run] 运行 python draw.py 查看动画。")
 
+        # 6. 波形能量动画（可选）
+        if config.get("step_plot_wave", 0):
+            try:
+                import plot_wave as pw
+                print("[run] 正在绘制波形与能量图…")
+                pw.plot_wave(str(output_dir_abs))
+            except Exception as e:
+                print(f"[run] 绘制波形图失败: {e}")
+
 
 def main():
     parser = argparse.ArgumentParser(description="物理模拟统一入口")