feat: 新增波形能量动画系统 plot_wave.py

- 创建 plot_wave.py: 从 display.txt 读取原子位移数据
  绘制纵波(x) + 横波(y) + 横波(z) 波形随时间的动画
  同时绘制系统动能/弹性势能/总能量/输入功率(dE/dt)时变曲线
  输出 wave_animation.gif
- 所有 input.txt 新增 step_plot_wave: 0 开关
- case05 开启 step_plot_wave: 1
- dynamics.py disp_data 新增 bond_stiffness/bond_rest_lengths
- 更新案例文档

examples/case05/input/input.txt

@@ -5,15 +5,16 @@
 # ── 流程控制 ──────────────────────────────────
 # 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
 # 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
-step_simulate:  1   # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
-step_sample:    1   # 抽帧 → output/display.txt
+step_simulate:  0   # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
+step_sample:    0   # 抽帧 → output/display.txt
 step_plot:      0   # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
-step_animation: 1   # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
+step_animation: 0   # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
+step_plot_wave: 1   # 绘制波形图
 force_calc: 0       # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
 
 # ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
 # 可选: python, c, cpp, fortran, java
-engine: python        # 默认使用 Python 引擎
+engine: python      # 默认使用 python 引擎
 
 # ── 盒子 ──────────────────────────────────────
 box_a: 80.0         # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
@@ -60,7 +61,7 @@ warmup_steps: 0           # 默认 0（立即开始记录）
 
 # 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
 # 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
-T_total: 100.0
+T_total: 10.0
 
 # 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
 NSTEP: 50