fix: leapfrog 模式缺少边界反弹，粒子穿透地板

问题：leapfrog 模式的主循环直接调用 leapfrog_staggered_step，
未经过 apply_motion_update，因此 Limit_in_box（边界反弹）
从未被执行。粒子超出 z<-20 后被 wrap_position 回绕到顶端，
导致物理行为完全错误。

修复：
1. 在预热和记录两个循环中，leapfrog 路径后显式调用
   Limit_in_box（与 apply_motion_update 内的非 leapfrog 路径一致）
2. 移除 apply_motion_update 末尾重复的 Limit_in_box 调用
   （统一到主循环中执行）

compute.py

@@ -1798,10 +1798,6 @@ def apply_motion_update(x, y, z, vx, vy, vz, dt, m, g, b):
         x, y, z, vx, vy, vz = Leapfrog_Method(x, y, z, vx, vy, vz, dt, m, g, b)
     else:
         raise ValueError(f"未知算法: {METHOD}")
-
-    x, vx = Limit_in_box(x, X_MIN, X_MAX, vx)
-    y, vy = Limit_in_box(y, Y_MIN, Y_MAX, vy)
-    z, vz = Limit_in_box(z, Z_MIN, Z_MAX, vz)
     return x, y, z, vx, vy, vz
 
 
@@ -1870,6 +1866,9 @@ def run_simulation(save_trajectory=0):
                     x, y, z, vx, vy, vz, DT, ATOM_MASSES, G, B)
             else:
                 x, y, z, vx, vy, vz = apply_motion_update(x, y, z, vx, vy, vz, DT, ATOM_MASSES, G, B)
+            x, vx = Limit_in_box(x, X_MIN, X_MAX, vx)
+            y, vy = Limit_in_box(y, Y_MIN, Y_MAX, vy)
+            z, vz = Limit_in_box(z, Z_MIN, Z_MAX, vz)
             x, y, z = wrap_position(x, y, z)
             x, y, z, vx, vy, vz = apply_fixed_constraints(x, y, z, vx, vy, vz)
         print(
@@ -1924,6 +1923,9 @@ def run_simulation(save_trajectory=0):
                 x, y, z, vx, vy, vz, DT, ATOM_MASSES, G, B)
         else:
             x, y, z, vx, vy, vz = apply_motion_update(x, y, z, vx, vy, vz, DT, ATOM_MASSES, G, B)
+        x, vx = Limit_in_box(x, X_MIN, X_MAX, vx)
+        y, vy = Limit_in_box(y, Y_MIN, Y_MAX, vy)
+        z, vz = Limit_in_box(z, Z_MIN, Z_MAX, vz)
         x, y, z = wrap_position(x, y, z)
         x, y, z, vx, vy, vz = apply_fixed_constraints(x, y, z, vx, vy, vz)