feat: 增加驱动力系统、Marker渲染模式、动画防闪退、案例文档
- 新增 driving_force 驱动力系统（driver.txt 定义，支持周期控制） - 新增 use_marker 渲染开关（GPU实例化点精灵，提升大量原子性能） - 修复动画闪退：独立控制台、错误日志、启动存活检测 - 重绘 draw.py 架构：双渲染模式 + 预分配键线缓冲区 - 修复 raw trajectory 采样时间变量遮蔽 bug - 重构 case05: 60原子一维链 + 驱动力 + 完整案例文档 - 修复所有案例 Readme.md 编码（GBK → UTF-8） - 所有 input.txt 新增 driver_file / driving_force / use_marker 参数
This commit is contained in:
@@ -0,0 +1,2 @@
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bond_name k rest_length
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k1 50.0 1.0
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n1 n2 bond_name
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1 2 k1
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2 3 k1
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3 4 k1
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4 5 k1
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47 48 k1
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50 51 k1
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51 52 k1
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52 53 k1
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53 54 k1
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54 55 k1
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55 56 k1
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56 57 k1
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57 58 k1
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58 59 k1
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59 60 k1
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@@ -0,0 +1,61 @@
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n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
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1 1 0.1 0 0 1 0 0 0 1 1 0
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2 1 0.1 1 0 0 0 0 0 1 1 0
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3 1 0.1 2 0 0 0 0 0 1 1 0
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4 1 0.1 3 0 0 0 0 0 1 1 0
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5 1 0.1 4 0 0 0 0 0 1 1 0
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6 1 0.1 5 0 0 0 0 0 1 1 0
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7 1 0.1 6 0 0 0 0 0 1 1 0
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8 1 0.1 7 0 0 0 0 0 1 1 0
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9 1 0.1 8 0 0 0 0 0 1 1 0
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10 1 0.1 9 0 0 0 0 0 1 1 0
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11 1 0.1 10 0 0 0 0 0 1 1 0
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12 1 0.1 11 0 0 0 0 0 1 1 0
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13 1 0.1 12 0 0 0 0 0 1 1 0
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14 1 0.1 13 0 0 0 0 0 1 1 0
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15 1 0.1 14 0 0 0 0 0 1 1 0
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16 1 0.1 15 0 0 0 0 0 1 1 0
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17 1 0.1 16 0 0 0 0 0 1 1 0
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18 1 0.1 17 0 0 0 0 0 1 1 0
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19 1 0.1 18 0 0 0 0 0 1 1 0
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20 1 0.1 19 0 0 0 0 0 1 1 0
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21 1 0.1 20 0 0 0 0 0 1 1 0
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22 1 0.1 21 0 0 0 0 0 1 1 0
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23 1 0.1 22 0 0 0 0 0 1 1 0
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24 1 0.1 23 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
25 1 0.1 24 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
26 1 0.1 25 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
27 1 0.1 26 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
28 1 0.1 27 0 0 0 0 0 1 1 0
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29 1 0.1 28 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
30 1 0.1 29 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
31 1 0.1 30 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
32 1 0.1 31 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
33 1 0.1 32 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
34 1 0.1 33 0 0 0 0 0 1 1 0
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35 1 0.1 34 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
36 1 0.1 35 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
37 1 0.1 36 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
38 1 0.1 37 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
39 1 0.1 38 0 0 0 0 0 1 1 0
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40 1 0.1 39 0 0 0 0 0 1 1 0
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41 1 0.1 40 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
42 1 0.1 41 0 0 0 0 0 1 1 0
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43 1 0.1 42 0 0 0 0 0 1 1 0
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44 1 0.1 43 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
45 1 0.1 44 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
46 1 0.1 45 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
47 1 0.1 46 0 0 0 0 0 1 1 0
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48 1 0.1 47 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
49 1 0.1 48 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
50 1 0.1 49 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
51 1 0.1 50 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
52 1 0.1 51 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
53 1 0.1 52 0 0 0 0 0 1 1 0
|
||||
54 1 0.1 53 0 0 0 0 0 1 1 0
|
||||
55 1 0.1 54 0 0 0 0 0 1 1 0
|
||||
56 1 0.1 55 0 0 0 0 0 1 1 0
|
||||
57 1 0.1 56 0 0 0 0 0 1 1 0
|
||||
58 1 0.1 57 0 0 0 0 0 1 1 0
|
||||
59 1 0.1 58 0 0 0 0 0 1 1 0
|
||||
60 1 0.1 59 0 0 0 0 0 1 1 0
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||||
@@ -0,0 +1,2 @@
|
||||
n amp_x amp_y amp_z freq_x freq_y freq_z phi_x phi_y phi_z period
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||||
1 0 0 1 0 0 0.1 0 0 90 all
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||||
@@ -0,0 +1,96 @@
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||||
# 物理模拟参数配置
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# 格式：YAML
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# 用法：python run_dynamics.py
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# ── 流程控制 ──────────────────────────────────
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# 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
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# 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
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step_simulate: 1 # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
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step_sample: 1 # 抽帧 → output/display.txt
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||||
step_plot: 0 # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
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||||
step_animation: 1 # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
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||||
force_calc: 0 # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
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||||
# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
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||||
# 可选: python, c, cpp, fortran, java
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||||
engine: python # 默认使用 Python 引擎
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# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
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||||
box_a: 80.0 # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
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||||
# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
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||||
# 坐标文件格式：
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# 第一行：n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
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# 后续行：原子序号 质量 半径 x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
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coord_file: input/coord.txt
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connection_file: input/connection.txt
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bond_file: input/bond.txt
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||||
driver_file: input/driver.txt # 驱动力定义文件（driving_force=1 时生效）
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||||
# 绘图/动画展示的原子序号（对应 coord_file 第一列 n）
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plot_atom: 1
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# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
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# 三个方向分量分别对应 x, y, z
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G: [0.0, 0.0, 0.0] # 重力场分量 (m/s²)
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B: [0.0, 0.0, 0.0] # 阻尼分量
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||||
# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
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||||
gravity_field: 0 # 均匀重力场 (G)
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gravity_interaction: 0 # 原子间万有引力
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elastic_force: 1 # 弹簧键力
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damping_force: 0 # 阻尼 (B)
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||||
driving_force: 1 # 驱动力（需 driver_file 定义）
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||||
#
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||||
gravity_strength: 1.0 # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
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# ── 数值算法 ──────────────────────────────────
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# 可选：
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# explicit_euler 显式欧拉法
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# implicit_euler 隐式欧拉法
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# midpoint 中点法
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# leapfrog 蛙跳法
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method: leapfrog
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# ── 步骤控制 ──────────────────────────────────
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||||
# 以下参数控制哪些步骤被执行和保存
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# 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
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warmup_steps: 0 # 默认 0（立即开始记录）
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||||
# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
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# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
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T_total: 100.0
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# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
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NSTEP: 50
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# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
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DT: 0.001 # 时间步长 (s)
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# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
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sample_start: null # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
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sample_end: null # null 表示到末尾
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# ── 渲染方式 ──────────────────────────────────
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# 3D 动画中原子渲染方式：
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# 0 = Sphere （网格球体，效果精细，原子数少时推荐）
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# 1 = Marker （GPU 实例化点，原子数多时性能更佳）
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use_marker: 1
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# ── 显示参数 ──────────────────────────────────
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# 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序
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alpha: [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.5]
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# 小球颜色
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# 小球半径从 coord_file 的 radius 列读取
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ball_color_r: 0.20 # R 分量 (0~1)
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ball_color_g: 0.60 # G 分量
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ball_color_b: 0.90 # B 分量
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||||
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||||
# 盒子面颜色
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||||
box_color_r: 0.80
|
||||
box_color_g: 0.80
|
||||
box_color_b: 0.85
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