fix(c): read_bonds 中 rewind 后未跳过表头行导致成键数据全为空

rewind(f) 将文件指针拉回开头（含表头 'n1 n2 bond_name'），
后续 fscanf 试图将 'n1' 解析为 %d 全部失败，导致：
- bond_pairs 直接用未初始化的栈垃圾 → 随机索引
- bond_stiffness/rest_lengths 保持默认值 1.0/2.0
- 弹簧力无法正确传播 → 第一个原子动后后面全不动

修复：rewind 后加 fgets(line, ...) 再次跳过表头。

engines/c/main.c

@@ -389,6 +389,7 @@ static BondData read_bonds(const char *input_dir, const AtomData *atoms) {
     char bond_name[256];
     while (fscanf(f, "%d %d %s", &tmp_a, &tmp_b, bond_name) == 3) n_lines++;
     rewind(f);
+    fgets(line, sizeof(line), f);  // 再次跳过表头
 
     if (n_lines == 0) { fclose(f); return b; }
 

examples/case06/input/input.txt

@@ -16,7 +16,7 @@ plot_wave_save_mp4: 1  # 输出波形 MP4（需 step_plot_wave=1）
 
 # ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
 # 可选: python, c, cpp, fortran, java
-engine: fortran  # 默认使用 python 引擎
+engine: c  # 默认使用 python 引擎
 
 # ── 盒子 ──────────────────────────────────────
 box_a: 80.0         # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内