feat: 外部引擎实时进度条 + C引擎read_bonds rewind修复

1. 引擎端：C/C++/Fortran 主循环每 1% 输出 progress 到 stdout
2. compute.py：读取 "[xxx] progress: N/total" 行更新 tqdm
3. 移除不准的时间估算逻辑，改用真实引擎进度
4. C引擎 read_bonds：rewind 后补 fgets 跳表头
5. gitignore 添加 output_test/

engines/c/main.c

@@ -926,7 +926,13 @@ int main(int argc, char **argv) {
     }
 
     /* 记录 */
+    int _prog_interval = record_steps / 100;
+    if (_prog_interval < 1) _prog_interval = 1;
     for (int s = 0; s < record_steps; s++) {
+        if (s % _prog_interval == 0 && s > 0) {
+            printf("[C-engine] progress: %d/%d\n", s, record_steps);
+            fflush(stdout);
+        }
         double t = (s + params.warmup_steps) * params.DT;
         if (params.driving_force) apply_driving_force(n, x, y, z, vx, vy, vz, t, s, params.DT, &drivers);
         for (int i = 0; i < n; i++) {