feat: 外部引擎实时进度条 + C引擎read_bonds rewind修复

1. 引擎端：C/C++/Fortran 主循环每 1% 输出 progress 到 stdout
2. compute.py：读取 "[xxx] progress: N/total" 行更新 tqdm
3. 移除不准的时间估算逻辑，改用真实引擎进度
4. C引擎 read_bonds：rewind 后补 fgets 跳表头
5. gitignore 添加 output_test/

engines/cpp/main.cpp

@@ -843,7 +843,12 @@ int main(int argc, char **argv) {
     }
 
     // 记录
+    int _prog_int = record_steps / 100;
+    if (_prog_int < 1) _prog_int = 1;
     for (int s = 0; s < record_steps; s++) {
+        if (s % _prog_int == 0 && s > 0) {
+            std::cout << "[Cpp-engine] progress: " << s << "/" << record_steps << std::endl;
+        }
         double t = (s + params.warmup_steps) * params.DT;
         if (params.driving_force)
             apply_driving_force(n, x.data(), y.data(), z.data(), vx.data(), vy.data(), vz.data(), t, s, params.DT, drivers);