 admin
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c158c74609
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perf: 降低 JSON 输出精度 15→8 位 + 添加 I/O 阶段提示
- C/C++/Fortran 引擎：%.15g/setprecision(15)/g0 → %.8g/g0.8
- 添加 "正在写入轨迹数据…" 提示，说明 100% 后的等待原因
- trajectory.txt 文件从 419MB → 407MB（仍有优化空间）
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2026-06-12 05:53:27 +08:00 |
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admin
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db50ac6d4d
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feat: 外部引擎实时进度条 + C引擎read_bonds rewind修复
1. 引擎端：C/C++/Fortran 主循环每 1% 输出 progress 到 stdout
2. compute.py：读取 "[xxx] progress: N/total" 行更新 tqdm
3. 移除不准的时间估算逻辑，改用真实引擎进度
4. C引擎 read_bonds：rewind 后补 fgets 跳表头
5. gitignore 添加 output_test/
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2026-06-11 21:36:30 +08:00 |
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admin
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9d5997afec
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fix(c): read_bonds 中 rewind 后未跳过表头行导致成键数据全为空
rewind(f) 将文件指针拉回开头（含表头 'n1 n2 bond_name'），
后续 fscanf 试图将 'n1' 解析为 %d 全部失败，导致：
- bond_pairs 直接用未初始化的栈垃圾 → 随机索引
- bond_stiffness/rest_lengths 保持默认值 1.0/2.0
- 弹簧力无法正确传播 → 第一个原子动后后面全不动
修复：rewind 后加 fgets(line, ...) 再次跳过表头。
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2026-06-11 19:38:10 +08:00 |
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admin
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1fd87cc33b
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fix(fortran): 修复 JSON 输出缺少逗号导致解析失败
write_json 中 bond_rest_lengths 后面缺少逗号，
导致 JSON 解码器在 driving_force 前报错：
JSONDecodeError: Expecting ',' delimiter
将 has_next 从 .false. 改为 .true.，空数组版本也补上逗号。
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2026-06-11 19:14:54 +08:00 |
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admin
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b783cbb981
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fix(fortran): 修复 read_coord 中 line(0:0) 字符串越界导致崩溃
错误码 3221225785 (0xC0000005 = STATUS_ACCESS_VIOLATION) 由
read_coord 中列数统计的双重条件导致：
line(i:i) /= ' ' .and. (i == 1 .or. line(i-1:i-1) == ' ')
Fortran 不保证 .or. 短路求值，当 i=1 时 line(0:0) 触发
内存越界。拆分为嵌套 if 块，确保只有在 i>1 时才访问
line(i-1:i-1)。
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2026-06-11 19:11:34 +08:00 |
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admin
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b9ec622808
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fix: C/C++/Fortran 引擎补齐 wrap_position 和 t=0 驱动力
- 三引擎均新增 wrap_position 周期边界回绕（调用在 limit_in_box 后）
- 三引擎均新增 t=0 驱动力初始调用（在预热循环前）
- 至此三引擎算法与 Python 完全一致
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2026-06-11 18:57:41 +08:00 |
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admin
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685234c84f
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feat: 为 C/C++/Fortran 引擎增加驱动力(driving_force)支持
- param.json 新增 driving_force 开关
- C 引擎: 新增 DriverData 结构体、read_driver()、apply_driving_force()
- C++ 引擎: 同上（C++ 风格实现）
- Fortran 引擎: 同上（Fortran 90 风格实现）
- 修复 JSON 输出末尾逗号导致加载失败的问题
- 编译通过并验证 C 引擎运行正常（100000步/6.6s）
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2026-06-11 09:19:34 +08:00 |
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admin
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5de80d4f7e
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modified: CMakeLists.txt
modified: INSTALL.md
modified: README.md
modified: build_release_zip.py
modified: compute.py
new file: doc/index.html
modified: dynamics.py
modified: engines/c/main.c
modified: engines/cpp/main.cpp
modified: engines/fortran/main.f90
modified: examples/case01/input/coord.txt
renamed: examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt
modified: examples/case01/run_dynamics.py
new file: examples/case02/input/bond.txt
new file: examples/case02/input/connection.txt
new file: examples/case02/input/coord.txt
new file: examples/case02/input/input.txt
new file: examples/case02/run_dynamics.py
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2026-05-20 16:03:59 +08:00 |
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admin
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45513fe334
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init
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2026-05-17 08:47:25 +08:00 |
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