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admin 1fd87cc33b fix(fortran): 修复 JSON 输出缺少逗号导致解析失败
write_json 中 bond_rest_lengths 后面缺少逗号,
导致 JSON 解码器在 driving_force 前报错:
  JSONDecodeError: Expecting ',' delimiter
将 has_next 从 .false. 改为 .true.,空数组版本也补上逗号。
2026-06-11 19:14:54 +08:00
admin b783cbb981 fix(fortran): 修复 read_coord 中 line(0:0) 字符串越界导致崩溃
错误码 3221225785 (0xC0000005 = STATUS_ACCESS_VIOLATION) 由
read_coord 中列数统计的双重条件导致:
  line(i:i) /= ' ' .and. (i == 1 .or. line(i-1:i-1) == ' ')
Fortran 不保证 .or. 短路求值,当 i=1 时 line(0:0) 触发
内存越界。拆分为嵌套 if 块,确保只有在 i>1 时才访问
line(i-1:i-1)。
2026-06-11 19:11:34 +08:00
admin b9ec622808 fix: C/C++/Fortran 引擎补齐 wrap_position 和 t=0 驱动力
- 三引擎均新增 wrap_position 周期边界回绕(调用在 limit_in_box 后)
- 三引擎均新增 t=0 驱动力初始调用(在预热循环前)
- 至此三引擎算法与 Python 完全一致
2026-06-11 18:57:41 +08:00
admin 685234c84f feat: 为 C/C++/Fortran 引擎增加驱动力(driving_force)支持
- param.json 新增 driving_force 开关
- C 引擎: 新增 DriverData 结构体、read_driver()、apply_driving_force()
- C++ 引擎: 同上(C++ 风格实现)
- Fortran 引擎: 同上(Fortran 90 风格实现)
- 修复 JSON 输出末尾逗号导致加载失败的问题
- 编译通过并验证 C 引擎运行正常(100000步/6.6s)
2026-06-11 09:19:34 +08:00
admin 5de80d4f7e modified: CMakeLists.txt
modified:   INSTALL.md
	modified:   README.md
	modified:   build_release_zip.py
	modified:   compute.py
	new file:   doc/index.html
	modified:   dynamics.py
	modified:   engines/c/main.c
	modified:   engines/cpp/main.cpp
	modified:   engines/fortran/main.f90
	modified:   examples/case01/input/coord.txt
	renamed:    examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt
	modified:   examples/case01/run_dynamics.py
	new file:   examples/case02/input/bond.txt
	new file:   examples/case02/input/connection.txt
	new file:   examples/case02/input/coord.txt
	new file:   examples/case02/input/input.txt
	new file:   examples/case02/run_dynamics.py
2026-05-20 16:03:59 +08:00
admin 45513fe334 init 2026-05-17 08:47:25 +08:00