ylniu/dynamics
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admin e415bf5ba5 fix: color_xrange 范围限定 d_max + color_driver + color 范围改为 [0,1] + bug 修复 2026-06-24 16:09:39 +08:00
admin 75d8aae1f2 fix: 修复 DLL 文件被 git CRLF 转换损坏 
将 DLL 标记为 binary，禁止行尾转换
 2026-06-21 08:17:08 +08:00
admin 369b840cf2 fix: Makefile Windows 检测兼容 Msys2/MINGW 环境 
uname -s 在 Msys2 上返回 MINGW64_NT-* 而非 Windows，
添加 findstring 匹配确保静态链接选项生效
 2026-06-21 05:58:37 +08:00
admin 7fb2b730e9 refactor: 源码迁至 engines/src/，删除旧的 engines/{c,cpp,fortran}/ 
- 删除 engines/{c,cpp,fortran}/ 目录（源码和 Makefile 已移至 src/）
- engines/src/{c,cpp,fortran}/: 清理 main.*/bak 等无用文件
- Makefile 改为直接编译 DLL 到 engines/release/
- .gitignore: 更新路径指向 engines/src/*/build/
- engine_dll.py: 更新注释中的编译命令路径
 2026-06-21 05:42:29 +08:00
admin e371fa8db1 refactor: 移除旧子进程模式的 main.* 源文件，Makefile 只编译 DLL 
- 删除 engines/c/main.c, engines/cpp/main.cpp, engines/fortran/main.f90
- Makefile 移除 all/exe 构建目标，默认只编译 DLL
 2026-06-21 05:33:52 +08:00
admin 7468a2d458 chore: 清理引擎目录旧校准缓存 _calib_cache.json 
旧子进程模式的预校准缓存，切换到 DLL 路径后已无代码引用
 2026-06-21 05:28:24 +08:00
admin 76a26d888e chore: 清理旧的引擎参数/校准 JSON 文件 
- c.json / fortran.json: 旧子进程模式参数，DLL 路径不再需要
- _calib_c.json / _calib_fortran.json: 旧预校准缓存，DLL 路径实时跟踪无需预跑
 2026-06-21 05:25:31 +08:00
admin 41c454eeab refactor: 引擎只走 DLL 路径，release 目录清理 exe 
- dynamics.py: 去掉 exe 子进程回退，只走 DLL 路径
- .gitignore: 白名单 engines/release/dynamics_*.dll
- engines/release/: 移除 dynamics_*.exe，新增 3 个引擎 DLL
 2026-06-21 05:19:33 +08:00
admin 6c06c00f4b fix: Fortran engine use_marker/alpha header passthrough + case04 Moon orbit fix 
- engines/fortran/main.f90:
  - 新增 use_marker 和 alpha_str 的读取、传递、写入 display.txt header
  - 新增 json_get_alpha 函数兼容 JSON 单值或 6 元数组
- engines/release/: 引擎校准缓存 & fortran.json 参数
- examples/case04/: 修正月球位置 (11.5→10.5) 和速度 (526→647),
  地月距缩至希尔半径以内 (0.5 < 1.0), 新增希尔半径验证说明
- examples/Readme.html: case04/case09 描述更新
 2026-06-19 08:05:05 +08:00
admin 974216332c docs: 更新 examples 文档，移动引擎源码结构 
- 更新 examples/Readme.md 覆盖全部 10 个案例
- 新增 examples/Readme.html 案例总览页面
- 引擎源码移至 engines/src/ 目录
- 编译产物统一至 engines/release/（静态编译）
- compute.py/engine_dll.py 路径同步更新
 2026-06-17 16:18:19 +08:00
admin a16d2239a1 refactor: 引擎源码移至 src/，编译产物统一至 release/ 
- 源码: engines/c/ → engines/src/c/
- 源码: engines/cpp/ → engines/src/cpp/
- 源码: engines/fortran/ → engines/src/fortran/
- 编译产物: engines/release/ (静态编译)
  - dynamics_c.exe   (516KB, C 引擎)
  - dynamics_cpp.exe (3.3MB, C++ 引擎)
  - dynamics_f90.exe (988KB, Fortran 引擎)
- compute.py: engine_map 指向 release/
- compute.py: param.json 和校准缓存移至 release/
- engine_dll.py: DLL 搜索路径指向 release/
- release/ 目录纳入 git 版本管理，用户克隆后直接可用
 2026-06-17 15:48:30 +08:00
admin 0e636e275d docs: 更新 examples/Readme.md 并新增 Readme.html 
- 覆盖全部 10 个案例（原 Readme 只到 case06）
- 新增案例选择指南表格
- Readme.html 为深色主题独立 HTML 页面
  （含卡片布局、标签分类、代码高亮、响应式设计）
- 各案例详情对齐最新配置参数
 2026-06-17 15:33:49 +08:00
admin d489222eaf fix: driven atoms now oscillate around their initial equilibrium position 
Previously, apply_driving_force set absolute position to A*cos(2π f t + φ),
ignoring the atom's initial coordinates. For atoms not at the origin (e.g.,
atom 120 at x=119), this incorrectly forced them back toward the origin each
step, causing severe distortion and numerical explosion.

Fix: store each driven atom's initial position as eq_pos/eq_x/eq_y/eq_z at
load time; position is now eq + A*cos(2π f t + φ) in all four engines
(Python, C, C++, Fortran).

Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
 2026-06-13 07:23:25 +08:00
admin e62e536cee feat: 真蛙跳法重构（Python/C/C++/Fortran 四引擎统一） 
- 新增 compute_accel_conservative / accel_conservative：
  保守力加速度（弹簧+重力+原子间引力），不含阻尼，供蛙跳专用
- 重写 leapfrog_step / leapfrog_full：
  - 无阻尼：纯辛积分器，每步 1 次力计算（原 Velocity-Verlet 需 2 次）
  - 有阻尼：半隐式处理 v(t+dt/2)=[v(t-dt/2)*(1-α)+a_c*dt]/(1+α)，无条件稳定
- 主循环加初始化反向半步 v(-dt/2)=v(0)-0.5*a_c(0)*dt
- 修复 C/C++ number of frames 字段写采样帧数而非总积分步数的 bug
- Python 引擎：新增 display.npz 二进制格式，draw.py/plot_wave.py 优先读取
- 编译参数统一为 -O3 -march=native -ffast-math
 2026-06-12 18:36:37 +08:00
admin e40393d793 fix: display.txt 缺少渲染参数导致盒子不透明 
外部引擎（C/C++）直接写 display.txt 时只输出基础物理参数
（DT/NSTEP/method 等），缺少 alpha/ball_color/box_color
等渲染参数，draw.py 读取不到 alpha 回退默认 0.2。

修复：
1. param.json 新增渲染参数（alpha/ball_color/box_color/...）
2. C/C++ 引擎 SimParams 新增对应字段 & JSON 读取
3. C/C++ write_display_txt 写入所有渲染参数 header
4. param.json ball_color/box_color 用数组统一存储
 2026-06-12 15:05:46 +08:00
admin dc7bc00616 feat: C/C++ 引擎支持 save_trajectory=0 时直接写 display.txt 
所有引擎（Python/C/C++）在 save_trajectory=0 时行为一致：
- 计算时按 NSTEP 抽帧，只存 sampled 缓冲区
- 直接写入 display.txt（新文本格式）
- 不生成 trajectory.txt

Python 引擎：run_simulation 已支持 ✅
C 引擎：采样缓冲区 + write_display_txt ✅
C++ 引擎：采样缓冲区 + write_display_txt ✅
Fortran 引擎：待完成

compute.py run_engine：save_trajectory=0 时跳过 trajectory.txt 加载
dynamics.py：引擎直接输出 display.txt 时跳过抽帧步骤
 2026-06-12 08:25:27 +08:00
admin c158c74609 perf: 降低 JSON 输出精度 15→8 位 + 添加 I/O 阶段提示 
- C/C++/Fortran 引擎：%.15g/setprecision(15)/g0 → %.8g/g0.8
- 添加 "正在写入轨迹数据…" 提示，说明 100% 后的等待原因
- trajectory.txt 文件从 419MB → 407MB（仍有优化空间）
 2026-06-12 05:53:27 +08:00
admin db50ac6d4d feat: 外部引擎实时进度条 + C引擎read_bonds rewind修复 
1. 引擎端：C/C++/Fortran 主循环每 1% 输出 progress 到 stdout
2. compute.py：读取 "[xxx] progress: N/total" 行更新 tqdm
3. 移除不准的时间估算逻辑，改用真实引擎进度
4. C引擎 read_bonds：rewind 后补 fgets 跳表头
5. gitignore 添加 output_test/
 2026-06-11 21:36:30 +08:00
admin 9d5997afec fix(c): read_bonds 中 rewind 后未跳过表头行导致成键数据全为空 
rewind(f) 将文件指针拉回开头（含表头 'n1 n2 bond_name'），
后续 fscanf 试图将 'n1' 解析为 %d 全部失败，导致：
- bond_pairs 直接用未初始化的栈垃圾 → 随机索引
- bond_stiffness/rest_lengths 保持默认值 1.0/2.0
- 弹簧力无法正确传播 → 第一个原子动后后面全不动

修复：rewind 后加 fgets(line, ...) 再次跳过表头。
 2026-06-11 19:38:10 +08:00
admin 1fd87cc33b fix(fortran): 修复 JSON 输出缺少逗号导致解析失败 
write_json 中 bond_rest_lengths 后面缺少逗号，
导致 JSON 解码器在 driving_force 前报错：
  JSONDecodeError: Expecting ',' delimiter
将 has_next 从 .false. 改为 .true.，空数组版本也补上逗号。
 2026-06-11 19:14:54 +08:00
admin b783cbb981 fix(fortran): 修复 read_coord 中 line(0:0) 字符串越界导致崩溃 
错误码 3221225785 (0xC0000005 = STATUS_ACCESS_VIOLATION) 由
read_coord 中列数统计的双重条件导致：
  line(i:i) /= ' ' .and. (i == 1 .or. line(i-1:i-1) == ' ')
Fortran 不保证 .or. 短路求值，当 i=1 时 line(0:0) 触发
内存越界。拆分为嵌套 if 块，确保只有在 i>1 时才访问
line(i-1:i-1)。
 2026-06-11 19:11:34 +08:00
admin b9ec622808 fix: C/C++/Fortran 引擎补齐 wrap_position 和 t=0 驱动力 
- 三引擎均新增 wrap_position 周期边界回绕（调用在 limit_in_box 后）
- 三引擎均新增 t=0 驱动力初始调用（在预热循环前）
- 至此三引擎算法与 Python 完全一致
 2026-06-11 18:57:41 +08:00
admin 685234c84f feat: 为 C/C++/Fortran 引擎增加驱动力(driving_force)支持 
- param.json 新增 driving_force 开关
- C 引擎: 新增 DriverData 结构体、read_driver()、apply_driving_force()
- C++ 引擎: 同上（C++ 风格实现）
- Fortran 引擎: 同上（Fortran 90 风格实现）
- 修复 JSON 输出末尾逗号导致加载失败的问题
- 编译通过并验证 C 引擎运行正常（100000步/6.6s）
 2026-06-11 09:19:34 +08:00
admin 5de80d4f7e modified: CMakeLists.txt 
modified:   INSTALL.md
	modified:   README.md
	modified:   build_release_zip.py
	modified:   compute.py
	new file:   doc/index.html
	modified:   dynamics.py
	modified:   engines/c/main.c
	modified:   engines/cpp/main.cpp
	modified:   engines/fortran/main.f90
	modified:   examples/case01/input/coord.txt
	renamed:    examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt
	modified:   examples/case01/run_dynamics.py
	new file:   examples/case02/input/bond.txt
	new file:   examples/case02/input/connection.txt
	new file:   examples/case02/input/coord.txt
	new file:   examples/case02/input/input.txt
	new file:   examples/case02/run_dynamics.py
 2026-05-20 16:03:59 +08:00
admin 45513fe334 init 2026-05-17 08:47:25 +08:00