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alpha（盒子透明度）未写入 display.txt header， draw.py 回退到默认 0.2 而非 input.txt 配置值。 现在 alpha 通过 header 字段正确传递。 Python 引擎：alpha 支持单值或数组 → 逗号分隔字符串 外部引擎：从 trajectory.txt 读取 alpha 值
case06: 一维原子链横波模拟
60 个原子沿 x 轴排列，相邻原子用弹簧连接。原子 1 受 z 方向驱动力作用，产生沿链传播的横波。
物理设定
| 参数 | 值 |
|---|---|
| 原子数 | 120 |
| 排列 | 沿 x 轴等间距排列，间距为 1 |
| 约束 | 原子沿 z 方向自由振动（fix_x=1, fix_y=1, fix_z=0），x, y 锁定 |
| 弹簧 | 劲度系数 k=1.0，原长 L₀=1.0 |
| 重力 | 无 |
| 万有引力 | 无 |
| 阻尼 | 无 |
| 驱动力 | 原子 1（z 方向驱动） |
| 算法 | leapfrog（蛙跳法，能量守恒） |
驱动力
原子 1 的位置由 input/driver.txt 中的驱动力公式决定：
z(t) = A_z \cdot \cos(2\pi f_z t + \phi_z)
当前参数：A_z = 0.5, f_z = 0.1 Hz, φ_z = 90°, period = all（全程驱动）。
动力学行为
原子 1 沿 z 方向的受迫振动通过弹簧逐次传递给相邻原子，形成沿链传播的横波。由于 z 方向的振动是横向的，弹簧大部分张力在 x 方向，z 方向的有效刚度是非线性的——等效于一个三次方恢复力（FPU 型非线性），因此波速较慢。
使用方法
cd examples/case06
python run_dynamics.py
配置参数详见 input/input.txt，驱动力定义见 input/driver.txt，完整文档见 doc/index.html。