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modified: INSTALL.md modified: README.md modified: build_release_zip.py modified: compute.py new file: doc/index.html modified: dynamics.py modified: engines/c/main.c modified: engines/cpp/main.cpp modified: engines/fortran/main.f90 modified: examples/case01/input/coord.txt renamed: examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt modified: examples/case01/run_dynamics.py new file: examples/case02/input/bond.txt new file: examples/case02/input/connection.txt new file: examples/case02/input/coord.txt new file: examples/case02/input/input.txt new file: examples/case02/run_dynamics.py
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# 物理模拟参数配置
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# 格式：YAML
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# 用法：python run_dynamics.py
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# ── 流程控制 ──────────────────────────────────
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# 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
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# 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
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step_simulate: 1 # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
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step_sample: 1 # 抽帧 → output/display.txt
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step_plot: 1 # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
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step_animation: 1 # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
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force_calc: 0 # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
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# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
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# 可选: python, c, cpp, fortran, java
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# python = Python 参考实现(compute.py)
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# c = C 引擎 (engines/c/build/dynamics_c)
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# cpp = C++ 引擎 (engines/cpp/build/dynamics_cpp)
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# fortran = Fortran 引擎 (engines/fortran/build/dynamics_f90)
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engine: python # 默认使用 Python 引擎
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# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
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box_a: 20.0 # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
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# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
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# 坐标文件格式：
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# 第一行：n mass radius x y z vx vy vz
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# 后续行：原子序号 质量 半径 x y z vx vy vz
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coord_file: input/coord.txt
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connection_file: input/connection.txt
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bond_file: input/bond.txt
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# 绘图/动画展示的原子序号（对应 coord_file 第一列 n）
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plot_atom: 1
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# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
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# 三个方向分量分别对应 x, y, z
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G: [0.0, 0.0, -9.8] # 重力场分量 (m/s²)
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# B: [0.5, 0.5, 0.5] # 阻尼分量
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B: [0.0, 0.0, 0.0] # 阻尼分量
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# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
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gravity_field: 1 # 均匀重力场 (G)
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gravity_interaction: 0 # 原子间万有引力
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elastic_force: 1 # 弹簧键力
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damping_force: 0 # 阻尼 (B)
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gravity_strength: 1.0 # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
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# ── 数值算法 ──────────────────────────────────
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# 可选：
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# explicit_euler 显式欧拉法
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# implicit_euler 隐式欧拉法
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# midpoint 中点法
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# leapfrog 蛙跳法
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method: leapfrog
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# ── 步骤控制 ──────────────────────────────────
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# 以下参数控制哪些步骤被执行和保存
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# 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
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warmup_steps: 0 # 默认 0（立即开始记录）
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# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
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# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
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T_total: 10.0
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# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
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NSTEP: 100
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# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
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DT: 0.001 # 时间步长 (s)
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# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
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sample_start: null # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
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sample_end: null # null 表示到末尾
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# ── 显示参数 ──────────────────────────────────
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# 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序
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alpha: [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.5]
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# 小球颜色
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# 小球半径从 coord_file 的 radius 列读取
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ball_color_r: 0.90 # R 分量 (0~1)
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ball_color_g: 0.20 # G 分量
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ball_color_b: 0.20 # B 分量
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# 盒子面颜色
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box_color_r: 0.80
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box_color_g: 0.80
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box_color_b: 0.85
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