admin
854f00ae44
- 新增 driving_force 驱动力系统（driver.txt 定义，支持周期控制） - 新增 use_marker 渲染开关（GPU实例化点精灵，提升大量原子性能） - 修复动画闪退：独立控制台、错误日志、启动存活检测 - 重绘 draw.py 架构：双渲染模式 + 预分配键线缓冲区 - 修复 raw trajectory 采样时间变量遮蔽 bug - 重构 case05: 60原子一维链 + 驱动力 + 完整案例文档 - 修复所有案例 Readme.md 编码（GBK → UTF-8） - 所有 input.txt 新增 driver_file / driving_force / use_marker 参数
97 lines
4.2 KiB
Plaintext
97 lines
4.2 KiB
Plaintext
# 物理模拟参数配置
|
||
# 格式：YAML
|
||
# 用法：python run_dynamics.py
|
||
|
||
# ── 流程控制 ──────────────────────────────────
|
||
# 每步用 0/1 单独开关，1=执行，0=跳过
|
||
# 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
|
||
step_simulate: 1 # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
|
||
step_sample: 1 # 抽帧 → output/display.txt
|
||
step_plot: 0 # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
|
||
step_animation: 1 # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
|
||
force_calc: 0 # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
|
||
|
||
# ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
|
||
# 可选: python, c, cpp, fortran, java
|
||
engine: python # 默认使用 Python 引擎
|
||
|
||
# ── 盒子 ──────────────────────────────────────
|
||
box_a: 80.0 # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
|
||
|
||
# ── 初始构型 ──────────────────────────────────
|
||
# 坐标文件格式：
|
||
# 第一行：n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
|
||
# 后续行：原子序号 质量 半径 x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
|
||
coord_file: input/coord.txt
|
||
connection_file: input/connection.txt
|
||
bond_file: input/bond.txt
|
||
driver_file: input/driver.txt # 驱动力定义文件（driving_force=1 时生效）
|
||
|
||
# 绘图/动画展示的原子序号（对应 coord_file 第一列 n）
|
||
plot_atom: 1
|
||
|
||
# ── 物理参数 ──────────────────────────────────
|
||
# 三个方向分量分别对应 x, y, z
|
||
G: [0.0, 0.0, 0.0] # 重力场分量 (m/s²)
|
||
B: [0.0, 0.0, 0.0] # 阻尼分量
|
||
|
||
# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
|
||
gravity_field: 0 # 均匀重力场 (G)
|
||
gravity_interaction: 0 # 原子间万有引力
|
||
elastic_force: 1 # 弹簧键力
|
||
damping_force: 0 # 阻尼 (B)
|
||
driving_force: 1 # 驱动力（需 driver_file 定义）
|
||
#
|
||
gravity_strength: 1.0 # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
|
||
|
||
# ── 数值算法 ──────────────────────────────────
|
||
# 可选：
|
||
# explicit_euler 显式欧拉法
|
||
# implicit_euler 隐式欧拉法
|
||
# midpoint 中点法
|
||
# leapfrog 蛙跳法
|
||
method: leapfrog
|
||
|
||
# ── 步骤控制 ──────────────────────────────────
|
||
# 以下参数控制哪些步骤被执行和保存
|
||
|
||
# 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
|
||
warmup_steps: 0 # 默认 0（立即开始记录）
|
||
|
||
# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
|
||
# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
|
||
T_total: 100.0
|
||
|
||
# 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
|
||
NSTEP: 50
|
||
|
||
# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
|
||
DT: 0.001 # 时间步长 (s)
|
||
|
||
# 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
|
||
sample_start: null # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
|
||
sample_end: null # null 表示到末尾
|
||
|
||
|
||
|
||
# ── 渲染方式 ──────────────────────────────────
|
||
# 3D 动画中原子渲染方式：
|
||
# 0 = Sphere （网格球体，效果精细，原子数少时推荐）
|
||
# 1 = Marker （GPU 实例化点，原子数多时性能更佳）
|
||
use_marker: 1
|
||
|
||
# ── 显示参数 ──────────────────────────────────
|
||
# 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序
|
||
alpha: [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.5]
|
||
|
||
# 小球颜色
|
||
# 小球半径从 coord_file 的 radius 列读取
|
||
ball_color_r: 0.20 # R 分量 (0~1)
|
||
ball_color_g: 0.60 # G 分量
|
||
ball_color_b: 0.90 # B 分量
|
||
|
||
# 盒子面颜色
|
||
box_color_r: 0.80
|
||
box_color_g: 0.80
|
||
box_color_b: 0.85
|