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- 创建 plot_wave.py: 从 display.txt 读取原子位移数据 绘制纵波(x) + 横波(y) + 横波(z) 波形随时间的动画 同时绘制系统动能/弹性势能/总能量/输入功率(dE/dt)时变曲线 输出 wave_animation.gif - 所有 input.txt 新增 step_plot_wave: 0 开关 - case05 开启 step_plot_wave: 1 - dynamics.py disp_data 新增 bond_stiffness/bond_rest_lengths - 更新案例文档
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case05: 一维原子链驱动力学模拟
60 个原子沿 x 轴排列，相邻原子用弹簧连接。原子 1 受驱动力作用。
物理设定
| 参数 | 值 |
|---|---|
| 原子数 | 60 |
| 排列 | 沿 x 轴等间距排列，间距为 1 |
| 约束 | 原子只沿 z 方向振动（fix_x=1, fix_y=1, fix_z=0） |
| 弹簧 | 劲度系数 k=1.0，原长 L₀=1.0 |
| 重力 | 无 |
| 万有引力 | 无 |
| 阻尼 | 无 |
| 驱动力 | 原子 1（详见 driver.txt） |
| 算法 | leapfrog（蛙跳法，能量守恒） |
驱动力
原子 1 的位置由 input/driver.txt 中的驱动力公式决定：
z(t) = A_z \cdot \cos(2\pi f_z t + \phi_z)
当前参数：A_z = 5.0, f_z = 1.0 Hz, φ_z = 90°（全程驱动）。
受驱原子完全忽略 coord.txt 中的初始坐标和 fix 约束，位置/速度由驱动力解析确定。
动力学行为
原子 1 的受迫振动通过弹簧逐次传递给相邻原子，形成沿链传播的横波。由于横向振动的几何非线性（弹簧张力主要在 x 方向），z 方向有效刚度低，波速较慢，呈现 FPU 型非线性动力学特征。
使用方法
cd examples/case05
python run_dynamics.py
配置参数详见 input/input.txt，驱动力定义见 input/driver.txt，完整文档见 doc/index.html。