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问题：leapfrog 模式的主循环直接调用 leapfrog_staggered_step， 未经过 apply_motion_update，因此 Limit_in_box（边界反弹） 从未被执行。粒子超出 z<-20 后被 wrap_position 回绕到顶端， 导致物理行为完全错误。 修复： 1. 在预热和记录两个循环中，leapfrog 路径后显式调用 Limit_in_box（与 apply_motion_update 内的非 leapfrog 路径一致） 2. 移除 apply_motion_update 末尾重复的 Limit_in_box 调用 （统一到主循环中执行）
本案例描述两个粒子同一个键连接，受到重力作用下的动力学过程。