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- case05 Readme.md 更新为纵波模拟描述 - case05 run_dynamics.py 注释更新 - case06 创建为一维原子链横波模拟 - coord.txt: fix_x=1, fix_y=1, fix_z=0 (z方向自由) - driver.txt: amp_z=0.5, freq_z=0.1, phi_z=90° - input.txt: 横波配置 + step_plot_wave - Readme.md + doc/index.html + run_dynamics.py - 模拟验证通过 (50000步/30s)
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case05: 一维原子链纵波模拟
60 个原子沿 x 轴排列，相邻原子用弹簧连接。原子 1 受 x 方向驱动力作用，产生沿链传播的纵波。
物理设定
| 参数 | 值 |
|---|---|
| 原子数 | 60 |
| 排列 | 沿 x 轴等间距排列，间距为 1 |
| 约束 | 原子沿 x 方向自由振动（fix_x=0, fix_y=1, fix_z=1），y, z 锁定 |
| 弹簧 | 劲度系数 k=1.0，原长 L₀=1.0 |
| 重力 | 无 |
| 万有引力 | 无 |
| 阻尼 | 无 |
| 驱动力 | 原子 1（x 方向驱动） |
| 算法 | leapfrog（蛙跳法，能量守恒） |
驱动力
原子 1 的位置由 input/driver.txt 中的驱动力公式决定：
x(t) = A_x \cdot \cos(2\pi f_x t + \phi_x)
当前参数：A_x = 0.5, f_x = 1.0 Hz, φ_x = 0°, period = all（全程驱动）。
动力学行为
原子 1 沿 x 方向的受迫振动通过弹簧逐次传递给相邻原子，形成沿链传播的纵波（压缩波/疏密波）。由于 x 方向的弹簧力是线性的（F ≈ k·Δx），纵波的传播速度较快，能量沿链高效传递。
使用方法
cd examples/case05
python run_dynamics.py
配置参数详见 input/input.txt，驱动力定义见 input/driver.txt，完整文档见 doc/index.html。