modified: CMakeLists.txt

modified:   INSTALL.md
	modified:   README.md
	modified:   build_release_zip.py
	modified:   compute.py
	new file:   doc/index.html
	modified:   dynamics.py
	modified:   engines/c/main.c
	modified:   engines/cpp/main.cpp
	modified:   engines/fortran/main.f90
	modified:   examples/case01/input/coord.txt
	renamed:    examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt
	modified:   examples/case01/run_dynamics.py
	new file:   examples/case02/input/bond.txt
	new file:   examples/case02/input/connection.txt
	new file:   examples/case02/input/coord.txt
	new file:   examples/case02/input/input.txt
	new file:   examples/case02/run_dynamics.py

examples/case01/input/coord.txt

@@ -1,3 +1,3 @@
-n mass radius x y z vx vy vz
-1 1 0.28 -1 0 0  0 0 0
-2 1 0.28  1 0 1  0 0 0
+n mass radius x y z vx vy vz fix_x fix_y fix_z
+1 1 0.28 -1 0 0  0 0 0 0 0 0
+2 1 0.28  1 0 1  0 0 0 0 0 0

examples/case01/input/input.txt

@@ -7,18 +7,20 @@
 # 依赖关系：抽帧依赖模拟结果，绘图依赖模拟+抽帧
 step_simulate:  1   # 运行物理模拟 → output/trajectory.txt
 step_sample:    1   # 抽帧 → output/display.txt
-step_plot:      0   # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
+step_plot:      1   # 绘制轨迹/能量图 → output/trajectory_plots.png
 step_animation: 1   # 自动播放 VisPy 3D 动画窗口（需安装 vispy）
+force_calc: 0       # 强制重新计算：1=跳过缓存强算，0=自动使用已有输出
 
 # ── 计算引擎 ──────────────────────────────────
 # 可选: python, c, cpp, fortran, java
 # python = Python 参考实现(compute.py)
 # c     = C 引擎 (engines/c/build/dynamics_c)
 # cpp   = C++ 引擎 (engines/cpp/build/dynamics_cpp)
-engine: python       # 默认使用 Python 引擎
+# fortran = Fortran 引擎 (engines/fortran/build/dynamics_f90)
+engine: python        # 默认使用 Python 引擎
 
 # ── 盒子 ──────────────────────────────────────
-box_a: 10.0         # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
+box_a: 20.0         # 立方体半边长，粒子被限制在 [-box_a, box_a]³ 内
 
 # ── 初始构型 ──────────────────────────────────
 # 坐标文件格式：
@@ -37,6 +39,14 @@ G: [0.0, 0.0, -9.8]   # 重力场分量 (m/s²)
 # B: [0.5, 0.5, 0.5]    # 阻尼分量
 B: [0.0, 0.0, 0.0]    # 阻尼分量
 
+# ── 力开关（0=关闭, 1=开启）──────────────────
+gravity_field: 1         # 均匀重力场 (G)
+gravity_interaction: 0   # 原子间万有引力
+elastic_force: 1         # 弹簧键力
+damping_force: 0         # 阻尼 (B)
+#
+gravity_strength: 1.0    # 万有引力强度（仅 gravity_interaction=1 时有效）
+
 # ── 数值算法 ──────────────────────────────────
 # 可选：
 #   explicit_euler  显式欧拉法
@@ -51,18 +61,21 @@ method: leapfrog
 # 预热步数：模拟开始时跳过不保存的步数（用于稳定初始状态）
 warmup_steps: 0           # 默认 0（立即开始记录）
 
-# 总计算步数
-NT:    10000
+# 总模拟时间（秒），程序自动计算 NT = T_total / DT
+# 如果同时指定了 NT，以 NT 为准
+T_total: 10.0
 
 # 抽帧间隔（每 NSTEP 步取一帧用于动画）
 NSTEP: 100
 
+# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
+DT:    0.001         # 时间步长 (s)
+
 # 抽帧范围：只保存 [sample_start, sample_end) 区间内的帧
 sample_start: null        # null 表示从头开始（帧索引从 0 起）
 sample_end: null           # null 表示到末尾
 
-# ── 时间步长 ──────────────────────────────────
-DT:    0.001         # 时间步长 (s)
+
 
 # ── 显示参数 ──────────────────────────────────
 # 盒子透明度：单个数值（统一）或 6 个数的数组，按 [-x,+x,-y,+y,-z,+z] 顺序