ylniu/dynamics
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admin e62e536cee feat: 真蛙跳法重构（Python/C/C++/Fortran 四引擎统一） 
- 新增 compute_accel_conservative / accel_conservative：
  保守力加速度（弹簧+重力+原子间引力），不含阻尼，供蛙跳专用
- 重写 leapfrog_step / leapfrog_full：
  - 无阻尼：纯辛积分器，每步 1 次力计算（原 Velocity-Verlet 需 2 次）
  - 有阻尼：半隐式处理 v(t+dt/2)=[v(t-dt/2)*(1-α)+a_c*dt]/(1+α)，无条件稳定
- 主循环加初始化反向半步 v(-dt/2)=v(0)-0.5*a_c(0)*dt
- 修复 C/C++ number of frames 字段写采样帧数而非总积分步数的 bug
- Python 引擎：新增 display.npz 二进制格式，draw.py/plot_wave.py 优先读取
- 编译参数统一为 -O3 -march=native -ffast-math
 2026-06-12 18:36:37 +08:00
admin 41790a782a fix: save_trajectory=0 时删除 trajectory.txt，所有引擎保持一致 
Python 引擎：run_simulation 已正确支持 save_trajectory ✅
外部引擎（C/C++/Fortran）：save_trajectory_txt 仅在
  save_trajectory=1 时调用；display.txt 生成后删除 trajectory.txt
补充：移除 compute.py 中重复的 'global use_marker' 和占位符
 2026-06-12 08:18:07 +08:00
admin 6298ed5b34 fix: 外部引擎路径 display.txt 未随 T_total 变更刷新 
当 T_total 从 20→100 时，外部引擎写入的 trajectory.txt 是新的，
但 display.txt 缓存未刷新（检查是否存在而非检查是否过期），
导致总帧数仍为 200（NT=20000 时的数据）。

修复：外部引擎路径总是从 trajectory.txt 重新抽帧生成 display.txt。
 2026-06-12 08:11:44 +08:00
admin c454162d0b feat: draw.py 直接读取 move_camera.txt，修改后重启即生效 
draw.py 启动时优先读取 input/move_camera.txt（实时文件），
不存在或为空时回退到 display.txt header 中的缓存数据。
改动 move_camera.txt 后只需重启动画窗口（关掉旧窗口重新
run_dynamics.py），无需重新跑模拟。
 2026-06-12 08:02:50 +08:00
admin 22b94011ee feat: 运动相机支持 + move_camera.txt 关键帧驱动 
input.txt 新增：
  move_camera: 0  # 0=固定视角, 1=按 move_camera.txt 运动

move_camera.txt 格式（4列：帧号 距离 俯仰角 方位角）：
  0    40.0   0     0
  100  80.0  -30  180
  200  40.0   0   360

display.txt header 传递 camera_keyframes JSON 数组，
draw.py 按帧时间线性插值驱动相机运动（循环播放）。
 2026-06-12 07:52:06 +08:00
admin f1afb7c479 feat: 摄像机初始位置可在 input.txt 配置 
新增 input.txt 字段：
  camera_distance:  40.0   # 到场景中心的距离
  camera_elevation: 0      # 俯仰角
  camera_azimuth:   0      # 方位角

通过 display.txt header 传递到 draw.py，
不再硬编码在 draw.py 中。
 2026-06-12 07:48:37 +08:00
admin 54aa20d7c5 fix: display.txt 缺失 alpha 透明度参数，draw.py 读取不到 
alpha（盒子透明度）未写入 display.txt header，
draw.py 回退到默认 0.2 而非 input.txt 配置值。
现在 alpha 通过 header 字段正确传递。

Python 引擎：alpha 支持单值或数组 → 逗号分隔字符串
外部引擎：从 trajectory.txt 读取 alpha 值
 2026-06-12 07:24:38 +08:00
admin c3e50d265d ui: 缩小 ball_info 字体 28 → 18，适配更多信息显示 2026-06-12 07:07:26 +08:00
admin 7417d47658 perf: 重写 load_display_txt 使用 np.genfromtxt 批量解析 
旧实现逐行 split()+float() 解析数据行要几十秒，
新实现将数据行收集后用 np.genfromtxt 一次性批量解析，
加载 200帧×120原子 仅需 0.087s（比之前快 100x+）。
 2026-06-12 07:01:52 +08:00
admin 0c332b7dfc feat: display.txt 新增 dynamic_steps 头字段记录实际计算步数 2026-06-12 06:47:17 +08:00
admin 9d1f84d2bf refactor: 引擎直接抽帧 + 新 display.txt 纯文本格式 + save_trajectory 开关 
核心变更：
1. compute.py: run_simulation 直接按 NSTEP 抽帧写 display.txt（新格式）
   - 新格式：纯文本，帧 1→n 分块，每行: n x y z vx vy vz
   - 新函数 save_display_txt() / load_display_txt()
   - save_trajectory 参数（默认0=不保留 trajectory.txt）
2. dynamics.py: 移除旧 JSON 采样逻辑，自动检测 display.txt
   - Python 引擎直接读取引擎输出的 display.txt
   - 外部引擎仍写 trajectory.txt，自动抽帧转 display.txt
3. draw.py: 适配 load_display_txt() 新格式
4. case06/input.txt: 添加 save_trajectory: 0, step_sample: 0

TODO: 外部引擎（C/C++/Fortran）内部抽帧写 display.txt
TODO: plot_wave.py 适配新格式
TODO: 其他案例 input.txt 更新默认值
 2026-06-12 06:36:50 +08:00
admin c158c74609 perf: 降低 JSON 输出精度 15→8 位 + 添加 I/O 阶段提示 
- C/C++/Fortran 引擎：%.15g/setprecision(15)/g0 → %.8g/g0.8
- 添加 "正在写入轨迹数据…" 提示，说明 100% 后的等待原因
- trajectory.txt 文件从 419MB → 407MB（仍有优化空间）
 2026-06-12 05:53:27 +08:00
admin db50ac6d4d feat: 外部引擎实时进度条 + C引擎read_bonds rewind修复 
1. 引擎端：C/C++/Fortran 主循环每 1% 输出 progress 到 stdout
2. compute.py：读取 "[xxx] progress: N/total" 行更新 tqdm
3. 移除不准的时间估算逻辑，改用真实引擎进度
4. C引擎 read_bonds：rewind 后补 fgets 跳表头
5. gitignore 添加 output_test/
 2026-06-11 21:36:30 +08:00
admin 9d5997afec fix(c): read_bonds 中 rewind 后未跳过表头行导致成键数据全为空 
rewind(f) 将文件指针拉回开头（含表头 'n1 n2 bond_name'），
后续 fscanf 试图将 'n1' 解析为 %d 全部失败，导致：
- bond_pairs 直接用未初始化的栈垃圾 → 随机索引
- bond_stiffness/rest_lengths 保持默认值 1.0/2.0
- 弹簧力无法正确传播 → 第一个原子动后后面全不动

修复：rewind 后加 fgets(line, ...) 再次跳过表头。
 2026-06-11 19:38:10 +08:00
admin e353e04133 fix(compute): 校准测速使用真实临时目录替代 os.devnull 
os.devnull 在 Windows 上为 NUL，外部引擎（C/C++/Fortran）
试图写入 NUL/trajectory.txt 会失败退出，导致校准时间
完全无效，进度条按错误估计跑（例如卡在 59% 不动）。

改为创建 _calib_out 临时目录，校准后清理。
现在进度条显示正确的剩余时间估计（如 [00:00<00:11]）。
 2026-06-11 19:25:26 +08:00
admin b783cbb981 fix(fortran): 修复 read_coord 中 line(0:0) 字符串越界导致崩溃 
错误码 3221225785 (0xC0000005 = STATUS_ACCESS_VIOLATION) 由
read_coord 中列数统计的双重条件导致：
  line(i:i) /= ' ' .and. (i == 1 .or. line(i-1:i-1) == ' ')
Fortran 不保证 .or. 短路求值，当 i=1 时 line(0:0) 触发
内存越界。拆分为嵌套 if 块，确保只有在 i>1 时才访问
line(i-1:i-1)。
 2026-06-11 19:11:34 +08:00
admin 2ce8ded482 case06: 原子数 60→120，更新文档 2026-06-11 18:44:59 +08:00
admin 586d7c29b2 case06: 原子数 60→120，更新文档 2026-06-11 18:43:35 +08:00
admin 20bfdf2f18 feat: 新增 plot_wave_save_gif/plot_wave_save_mp4 开关 
- 所有 input.txt 新增 plot_wave_save_gif / plot_wave_save_mp4 参数
- dynamics.py 将参数传入 plot_wave()
- plot_wave.py 根据 save_gif/save_mp4 标志条件保存文件
- 默认均为 0（不输出文件，只显示动画窗口）
 2026-06-11 13:31:33 +08:00
admin 131f52fe19 docs: case05纵波 + case06横波一维原子链 
- case05 Readme.md 更新为纵波模拟描述
- case05 run_dynamics.py 注释更新
- case06 创建为一维原子链横波模拟
  - coord.txt: fix_x=1, fix_y=1, fix_z=0 (z方向自由)
  - driver.txt: amp_z=0.5, freq_z=0.1, phi_z=90°
  - input.txt: 横波配置 + step_plot_wave
  - Readme.md + doc/index.html + run_dynamics.py
- 模拟验证通过 (50000步/30s)
 2026-06-11 13:27:43 +08:00
admin 80520590d1 feat: 新增波形能量动画系统 plot_wave.py 
- 创建 plot_wave.py: 从 display.txt 读取原子位移数据
  绘制纵波(x) + 横波(y) + 横波(z) 波形随时间的动画
  同时绘制系统动能/弹性势能/总能量/输入功率(dE/dt)时变曲线
  输出 wave_animation.gif
- 所有 input.txt 新增 step_plot_wave: 0 开关
- case05 开启 step_plot_wave: 1
- dynamics.py disp_data 新增 bond_stiffness/bond_rest_lengths
- 更新案例文档
 2026-06-11 12:39:46 +08:00