ylniu/dynamics
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admin f1afb7c479 feat: 摄像机初始位置可在 input.txt 配置 
新增 input.txt 字段：
  camera_distance:  40.0   # 到场景中心的距离
  camera_elevation: 0      # 俯仰角
  camera_azimuth:   0      # 方位角

通过 display.txt header 传递到 draw.py，
不再硬编码在 draw.py 中。
 2026-06-12 07:48:37 +08:00
admin 757a891a43 feat: display.txt 传递原子半径数组，draw.py 读取 per-atom 半径 
之前所有原子使用统一的 ball_radius（来自 input.txt），
现在 display.txt header 包含 atom_radii 字段（逗号分隔
的半径数组），draw.py 据此为每个原子设置独立半径。
fallback：若没有 atom_radii 字段，仍使用 ball_radius。
 2026-06-12 07:46:28 +08:00
admin 466a301d34 fix: alpha numpy 数组格式化问题导致逗号丢失 
trajectory.txt 中的 alpha 以 numpy 数组形式加载，
str() 后变成 "[0. 0. 0. 0. 0. 0.]"（无逗号），
draw.py parse 不成功回退为默认 0.2。
新增 _fmt_alpha() 统一格式化为逗号分隔字符串。
 2026-06-12 07:28:05 +08:00
admin 54aa20d7c5 fix: display.txt 缺失 alpha 透明度参数，draw.py 读取不到 
alpha（盒子透明度）未写入 display.txt header，
draw.py 回退到默认 0.2 而非 input.txt 配置值。
现在 alpha 通过 header 字段正确传递。

Python 引擎：alpha 支持单值或数组 → 逗号分隔字符串
外部引擎：从 trajectory.txt 读取 alpha 值
 2026-06-12 07:24:38 +08:00
admin c3e50d265d ui: 缩小 ball_info 字体 28 → 18，适配更多信息显示 2026-06-12 07:07:26 +08:00
admin 6b5e12da46 fix: display.txt 丢失 use_marker 导致强制使用 Sphere 渲染模式 
新格式 display.txt 未包含 use_marker 字段，draw.py 中
USE_MARKER 被硬编码为 0（Sphere 模式），对 120 个原子
每帧更新 120 次 STTransform 极慢。

修复：将 use_marker 加入 display.txt header，draw.py 从
header 读取而非硬编码。case06 配置 use_marker: 1 会
自动启用 Marker（GPU 实例化）模式，动画流畅。
 2026-06-12 07:04:29 +08:00
admin 7417d47658 perf: 重写 load_display_txt 使用 np.genfromtxt 批量解析 
旧实现逐行 split()+float() 解析数据行要几十秒，
新实现将数据行收集后用 np.genfromtxt 一次性批量解析，
加载 200帧×120原子 仅需 0.087s（比之前快 100x+）。
 2026-06-12 07:01:52 +08:00
admin a3fa8b90f6 feat: display.txt 新增 T_total 头字段（总模拟时间=NT×DT） 2026-06-12 06:55:38 +08:00
admin ab3a847483 fix: display.txt 的 number of frames 改为实际抽帧数而非总步数 
之前 number of frames 错误地填入了 record_steps（=NT），
实际应该填入 n_frames_actual（=NT/NSTEP）。如 NT=20000,
NSTEP=100 时抽得 200 帧，现在正确显示为 200。
总步数仍在 dynamic_steps 中记录。
 2026-06-12 06:51:59 +08:00
admin 0c332b7dfc feat: display.txt 新增 dynamic_steps 头字段记录实际计算步数 2026-06-12 06:47:17 +08:00
admin 9d1f84d2bf refactor: 引擎直接抽帧 + 新 display.txt 纯文本格式 + save_trajectory 开关 
核心变更：
1. compute.py: run_simulation 直接按 NSTEP 抽帧写 display.txt（新格式）
   - 新格式：纯文本，帧 1→n 分块，每行: n x y z vx vy vz
   - 新函数 save_display_txt() / load_display_txt()
   - save_trajectory 参数（默认0=不保留 trajectory.txt）
2. dynamics.py: 移除旧 JSON 采样逻辑，自动检测 display.txt
   - Python 引擎直接读取引擎输出的 display.txt
   - 外部引擎仍写 trajectory.txt，自动抽帧转 display.txt
3. draw.py: 适配 load_display_txt() 新格式
4. case06/input.txt: 添加 save_trajectory: 0, step_sample: 0

TODO: 外部引擎（C/C++/Fortran）内部抽帧写 display.txt
TODO: plot_wave.py 适配新格式
TODO: 其他案例 input.txt 更新默认值
 2026-06-12 06:36:50 +08:00
admin c158c74609 perf: 降低 JSON 输出精度 15→8 位 + 添加 I/O 阶段提示 
- C/C++/Fortran 引擎：%.15g/setprecision(15)/g0 → %.8g/g0.8
- 添加 "正在写入轨迹数据…" 提示，说明 100% 后的等待原因
- trajectory.txt 文件从 419MB → 407MB（仍有优化空间）
 2026-06-12 05:53:27 +08:00
admin 52505e9aff fix(compute): 修复进度条跳变（20%→100%） 
原因：外部引擎 stdout 管道缓存，Python 每 0.2s 读一行，
引擎结束时管道中大量库存进度消息没被用于更新进度条。

修复：
1. 子进程退出时扫描残留 stdout 中的 progress 消息并更新 pbar
2. sleep 从 0.2s 降到 0.05s，提高读取频率
 2026-06-11 22:48:34 +08:00
admin db50ac6d4d feat: 外部引擎实时进度条 + C引擎read_bonds rewind修复 
1. 引擎端：C/C++/Fortran 主循环每 1% 输出 progress 到 stdout
2. compute.py：读取 "[xxx] progress: N/total" 行更新 tqdm
3. 移除不准的时间估算逻辑，改用真实引擎进度
4. C引擎 read_bonds：rewind 后补 fgets 跳表头
5. gitignore 添加 output_test/
 2026-06-11 21:36:30 +08:00
admin 42c6776eff chore: 添加 output_test 到 gitignore 2026-06-11 19:42:23 +08:00
admin 9d5997afec fix(c): read_bonds 中 rewind 后未跳过表头行导致成键数据全为空 
rewind(f) 将文件指针拉回开头（含表头 'n1 n2 bond_name'），
后续 fscanf 试图将 'n1' 解析为 %d 全部失败，导致：
- bond_pairs 直接用未初始化的栈垃圾 → 随机索引
- bond_stiffness/rest_lengths 保持默认值 1.0/2.0
- 弹簧力无法正确传播 → 第一个原子动后后面全不动

修复：rewind 后加 fgets(line, ...) 再次跳过表头。
 2026-06-11 19:38:10 +08:00
admin e353e04133 fix(compute): 校准测速使用真实临时目录替代 os.devnull 
os.devnull 在 Windows 上为 NUL，外部引擎（C/C++/Fortran）
试图写入 NUL/trajectory.txt 会失败退出，导致校准时间
完全无效，进度条按错误估计跑（例如卡在 59% 不动）。

改为创建 _calib_out 临时目录，校准后清理。
现在进度条显示正确的剩余时间估计（如 [00:00<00:11]）。
 2026-06-11 19:25:26 +08:00
admin 1fd87cc33b fix(fortran): 修复 JSON 输出缺少逗号导致解析失败 
write_json 中 bond_rest_lengths 后面缺少逗号，
导致 JSON 解码器在 driving_force 前报错：
  JSONDecodeError: Expecting ',' delimiter
将 has_next 从 .false. 改为 .true.，空数组版本也补上逗号。
 2026-06-11 19:14:54 +08:00
admin b783cbb981 fix(fortran): 修复 read_coord 中 line(0:0) 字符串越界导致崩溃 
错误码 3221225785 (0xC0000005 = STATUS_ACCESS_VIOLATION) 由
read_coord 中列数统计的双重条件导致：
  line(i:i) /= ' ' .and. (i == 1 .or. line(i-1:i-1) == ' ')
Fortran 不保证 .or. 短路求值，当 i=1 时 line(0:0) 触发
内存越界。拆分为嵌套 if 块，确保只有在 i>1 时才访问
line(i-1:i-1)。
 2026-06-11 19:11:34 +08:00
admin b9ec622808 fix: C/C++/Fortran 引擎补齐 wrap_position 和 t=0 驱动力 
- 三引擎均新增 wrap_position 周期边界回绕（调用在 limit_in_box 后）
- 三引擎均新增 t=0 驱动力初始调用（在预热循环前）
- 至此三引擎算法与 Python 完全一致
 2026-06-11 18:57:41 +08:00
admin 2ce8ded482 case06: 原子数 60→120，更新文档 2026-06-11 18:44:59 +08:00
admin 586d7c29b2 case06: 原子数 60→120，更新文档 2026-06-11 18:43:35 +08:00
admin 8261017879 docs: 添加 examples/Readme.md 总览（6个案例介绍） 2026-06-11 13:32:23 +08:00
admin 20bfdf2f18 feat: 新增 plot_wave_save_gif/plot_wave_save_mp4 开关 
- 所有 input.txt 新增 plot_wave_save_gif / plot_wave_save_mp4 参数
- dynamics.py 将参数传入 plot_wave()
- plot_wave.py 根据 save_gif/save_mp4 标志条件保存文件
- 默认均为 0（不输出文件，只显示动画窗口）
 2026-06-11 13:31:33 +08:00
admin 131f52fe19 docs: case05纵波 + case06横波一维原子链 
- case05 Readme.md 更新为纵波模拟描述
- case05 run_dynamics.py 注释更新
- case06 创建为一维原子链横波模拟
  - coord.txt: fix_x=1, fix_y=1, fix_z=0 (z方向自由)
  - driver.txt: amp_z=0.5, freq_z=0.1, phi_z=90°
  - input.txt: 横波配置 + step_plot_wave
  - Readme.md + doc/index.html + run_dynamics.py
- 模拟验证通过 (50000步/30s)
 2026-06-11 13:27:43 +08:00
admin 80520590d1 feat: 新增波形能量动画系统 plot_wave.py 
- 创建 plot_wave.py: 从 display.txt 读取原子位移数据
  绘制纵波(x) + 横波(y) + 横波(z) 波形随时间的动画
  同时绘制系统动能/弹性势能/总能量/输入功率(dE/dt)时变曲线
  输出 wave_animation.gif
- 所有 input.txt 新增 step_plot_wave: 0 开关
- case05 开启 step_plot_wave: 1
- dynamics.py disp_data 新增 bond_stiffness/bond_rest_lengths
- 更新案例文档
 2026-06-11 12:39:46 +08:00
admin 685234c84f feat: 为 C/C++/Fortran 引擎增加驱动力(driving_force)支持 
- param.json 新增 driving_force 开关
- C 引擎: 新增 DriverData 结构体、read_driver()、apply_driving_force()
- C++ 引擎: 同上（C++ 风格实现）
- Fortran 引擎: 同上（Fortran 90 风格实现）
- 修复 JSON 输出末尾逗号导致加载失败的问题
- 编译通过并验证 C 引擎运行正常（100000步/6.6s）
 2026-06-11 09:19:34 +08:00
admin 6da82de49b docs: 更新 case05 Readme.md —— 驱动力描述、使用说明 2026-06-10 15:42:34 +08:00
admin 854f00ae44 feat: 增加驱动力系统、Marker渲染模式、动画防闪退、案例文档 
- 新增 driving_force 驱动力系统（driver.txt 定义，支持周期控制）
- 新增 use_marker 渲染开关（GPU实例化点精灵，提升大量原子性能）
- 修复动画闪退：独立控制台、错误日志、启动存活检测
- 重绘 draw.py 架构：双渲染模式 + 预分配键线缓冲区
- 修复 raw trajectory 采样时间变量遮蔽 bug
- 重构 case05: 60原子一维链 + 驱动力 + 完整案例文档
- 修复所有案例 Readme.md 编码（GBK → UTF-8）
- 所有 input.txt 新增 driver_file / driving_force / use_marker 参数
 2026-06-10 15:34:53 +08:00
admin 0f04630fc0 add NumericalMethods.py 2026-05-23 14:59:36 +08:00
admin 28fcbe22dc new file: doc/manual.html 2026-05-20 20:07:31 +08:00
admin 5de80d4f7e modified: CMakeLists.txt 
modified:   INSTALL.md
	modified:   README.md
	modified:   build_release_zip.py
	modified:   compute.py
	new file:   doc/index.html
	modified:   dynamics.py
	modified:   engines/c/main.c
	modified:   engines/cpp/main.cpp
	modified:   engines/fortran/main.f90
	modified:   examples/case01/input/coord.txt
	renamed:    examples/case01/input/parameters.yaml -> examples/case01/input/input.txt
	modified:   examples/case01/run_dynamics.py
	new file:   examples/case02/input/bond.txt
	new file:   examples/case02/input/connection.txt
	new file:   examples/case02/input/coord.txt
	new file:   examples/case02/input/input.txt
	new file:   examples/case02/run_dynamics.py
 2026-05-20 16:03:59 +08:00
admin 45513fe334 init 2026-05-17 08:47:25 +08:00
ylniu 1159d86b8b Initial commit 2026-05-17 07:51:15 +08:00