ylniu/dynamics
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admin d371b28acc feat: add display_amp parameter for visual displacement amplification 
Supports display_amp: [ax, ay, az] in input.txt. On rendering, each atom's
displacement from its frame-0 equilibrium is multiplied by the corresponding
factor. Physics is unchanged; only the rendered positions are scaled.

Useful for visualizing small-amplitude waves that would otherwise be invisible.
Example: display_amp: [1.0, 1.0, 5.0] exaggerates z-direction motion 5x.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
 2026-06-13 07:28:56 +08:00
admin e62e536cee feat: 真蛙跳法重构（Python/C/C++/Fortran 四引擎统一） 
- 新增 compute_accel_conservative / accel_conservative：
  保守力加速度（弹簧+重力+原子间引力），不含阻尼，供蛙跳专用
- 重写 leapfrog_step / leapfrog_full：
  - 无阻尼：纯辛积分器，每步 1 次力计算（原 Velocity-Verlet 需 2 次）
  - 有阻尼：半隐式处理 v(t+dt/2)=[v(t-dt/2)*(1-α)+a_c*dt]/(1+α)，无条件稳定
- 主循环加初始化反向半步 v(-dt/2)=v(0)-0.5*a_c(0)*dt
- 修复 C/C++ number of frames 字段写采样帧数而非总积分步数的 bug
- Python 引擎：新增 display.npz 二进制格式，draw.py/plot_wave.py 优先读取
- 编译参数统一为 -O3 -march=native -ffast-math
 2026-06-12 18:36:37 +08:00
admin b95a3579fc feat: move_camera.txt 支持 all 关键词表示全程执行 
在帧位置写 all 表示该段对所有帧生效：
  all  vx=0.1  ry=0.5    # 全程缓慢平移 + 旋转

等同于 start=0, end=INF，与普通区间段一样支持时间交叠。
 2026-06-12 08:08:36 +08:00
admin b4fed4fbb8 fix: 运动相机时间交叠时所有段依次作用 
之前只取了第一个活动段 active[0]，时间交叠时后面的段被忽略。
改为遍历所有段，按文件顺序依次施加平移和旋转。
排在前面的段优先作用于相机位置（矩阵非对易性保证）。
 2026-06-12 08:06:15 +08:00
admin c454162d0b feat: draw.py 直接读取 move_camera.txt，修改后重启即生效 
draw.py 启动时优先读取 input/move_camera.txt（实时文件），
不存在或为空时回退到 display.txt header 中的缓存数据。
改动 move_camera.txt 后只需重启动画窗口（关掉旧窗口重新
run_dynamics.py），无需重新跑模拟。
 2026-06-12 08:02:50 +08:00
admin e40f7a49e4 feat: move_camera.txt 改为速度段格式驱动相机运动 
格式：
  1-60   vx=1.0  rx=10         # 1-60帧：x平移1/帧 + 绕x转10°/帧
  30-90  vy=2.0  ry=20  rz=10  # 30-90帧：y平移2/帧 + 绕y转20°/帧 + 绕z转10°/帧

draw.py 每帧累加平移速度修改center，累加旋转速度修改
elevation/azimuth，实现连续平滑的相机运动。
 2026-06-12 07:58:08 +08:00
admin 22b94011ee feat: 运动相机支持 + move_camera.txt 关键帧驱动 
input.txt 新增：
  move_camera: 0  # 0=固定视角, 1=按 move_camera.txt 运动

move_camera.txt 格式（4列：帧号 距离 俯仰角 方位角）：
  0    40.0   0     0
  100  80.0  -30  180
  200  40.0   0   360

display.txt header 传递 camera_keyframes JSON 数组，
draw.py 按帧时间线性插值驱动相机运动（循环播放）。
 2026-06-12 07:52:06 +08:00
admin f1afb7c479 feat: 摄像机初始位置可在 input.txt 配置 
新增 input.txt 字段：
  camera_distance:  40.0   # 到场景中心的距离
  camera_elevation: 0      # 俯仰角
  camera_azimuth:   0      # 方位角

通过 display.txt header 传递到 draw.py，
不再硬编码在 draw.py 中。
 2026-06-12 07:48:37 +08:00
admin 757a891a43 feat: display.txt 传递原子半径数组，draw.py 读取 per-atom 半径 
之前所有原子使用统一的 ball_radius（来自 input.txt），
现在 display.txt header 包含 atom_radii 字段（逗号分隔
的半径数组），draw.py 据此为每个原子设置独立半径。
fallback：若没有 atom_radii 字段，仍使用 ball_radius。
 2026-06-12 07:46:28 +08:00
admin 54aa20d7c5 fix: display.txt 缺失 alpha 透明度参数，draw.py 读取不到 
alpha（盒子透明度）未写入 display.txt header，
draw.py 回退到默认 0.2 而非 input.txt 配置值。
现在 alpha 通过 header 字段正确传递。

Python 引擎：alpha 支持单值或数组 → 逗号分隔字符串
外部引擎：从 trajectory.txt 读取 alpha 值
 2026-06-12 07:24:38 +08:00
admin c3e50d265d ui: 缩小 ball_info 字体 28 → 18，适配更多信息显示 2026-06-12 07:07:26 +08:00
admin 6b5e12da46 fix: display.txt 丢失 use_marker 导致强制使用 Sphere 渲染模式 
新格式 display.txt 未包含 use_marker 字段，draw.py 中
USE_MARKER 被硬编码为 0（Sphere 模式），对 120 个原子
每帧更新 120 次 STTransform 极慢。

修复：将 use_marker 加入 display.txt header，draw.py 从
header 读取而非硬编码。case06 配置 use_marker: 1 会
自动启用 Marker（GPU 实例化）模式，动画流畅。
 2026-06-12 07:04:29 +08:00
admin 9d1f84d2bf refactor: 引擎直接抽帧 + 新 display.txt 纯文本格式 + save_trajectory 开关 
核心变更：
1. compute.py: run_simulation 直接按 NSTEP 抽帧写 display.txt（新格式）
   - 新格式：纯文本，帧 1→n 分块，每行: n x y z vx vy vz
   - 新函数 save_display_txt() / load_display_txt()
   - save_trajectory 参数（默认0=不保留 trajectory.txt）
2. dynamics.py: 移除旧 JSON 采样逻辑，自动检测 display.txt
   - Python 引擎直接读取引擎输出的 display.txt
   - 外部引擎仍写 trajectory.txt，自动抽帧转 display.txt
3. draw.py: 适配 load_display_txt() 新格式
4. case06/input.txt: 添加 save_trajectory: 0, step_sample: 0

TODO: 外部引擎（C/C++/Fortran）内部抽帧写 display.txt
TODO: plot_wave.py 适配新格式
TODO: 其他案例 input.txt 更新默认值
 2026-06-12 06:36:50 +08:00
admin 80520590d1 feat: 新增波形能量动画系统 plot_wave.py 
- 创建 plot_wave.py: 从 display.txt 读取原子位移数据
  绘制纵波(x) + 横波(y) + 横波(z) 波形随时间的动画
  同时绘制系统动能/弹性势能/总能量/输入功率(dE/dt)时变曲线
  输出 wave_animation.gif
- 所有 input.txt 新增 step_plot_wave: 0 开关
- case05 开启 step_plot_wave: 1
- dynamics.py disp_data 新增 bond_stiffness/bond_rest_lengths
- 更新案例文档
 2026-06-11 12:39:46 +08:00
admin 854f00ae44 feat: 增加驱动力系统、Marker渲染模式、动画防闪退、案例文档 
- 新增 driving_force 驱动力系统（driver.txt 定义，支持周期控制）
- 新增 use_marker 渲染开关（GPU实例化点精灵，提升大量原子性能）
- 修复动画闪退：独立控制台、错误日志、启动存活检测
- 重绘 draw.py 架构：双渲染模式 + 预分配键线缓冲区
- 修复 raw trajectory 采样时间变量遮蔽 bug
- 重构 case05: 60原子一维链 + 驱动力 + 完整案例文档
- 修复所有案例 Readme.md 编码（GBK → UTF-8）
- 所有 input.txt 新增 driver_file / driving_force / use_marker 参数
 2026-06-10 15:34:53 +08:00
admin 45513fe334 init 2026-05-17 08:47:25 +08:00